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我的问题与蛋白质序列比对有关。当我将 ClustalW 用于 alignmnet 时,我可以看到身份百分比、高度相似和每周相似。但我想找到所有比对序列的相似性百分比而不是身份。

我搜索了有助于找出解决它的算法的软件,但我无法下载它们 ex:MStatX 这听起来很有希望解决我的问题,但不知何故我找不到下载它的信息。

我什至读到了相似度矩阵,它看起来像是一种计算序列相似度百分比的解决方案。即使这样,我也不知道在哪里可以找到下载任何软件的信息(如果有的话)。

任何人都可以帮助我找到合适的工具或方法来计算多对齐序列中的相似性百分比。

谢谢你,帕维特拉。

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Levenshtein 距离算法 维基媒体链接: http ://en.wikipedia.org/wiki/Levenshtein_distance 您可以找到适合您特定语言的工具

于 2012-01-20T04:15:54.197 回答
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你听说过史密斯-沃特曼吗?Smith-Waterman 可以帮助您计算序列的相似性(实际上它是从 DNA 开始的),但是一旦您学会了如何计算中间矩阵,您就可以使用它来查找许多其他重要且有用的信息(例如作为部分匹配)

于 2012-01-18T12:15:36.213 回答