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我正在使用以下代码将 3D 坐标 (x,y,z) 生成到文件中。 

for (my $x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) {
    for (my $y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) {
        for (my $z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) {
            push @arr_grid, "$x  $y  $z\n";
        }
    }
}  
foreach (@arr_grid) {
    say "HETATM 1 O  HOH  1  $_   O";
}

现在，我的问题是我想获得具有精确格式（PDB）和索引值的输出，例如， 

1-6    7-11 13-16 18-20 23-26    31-38   39-46    47-54                      77-78  
(Name) (S.No)                     (x)     (y)      (z)
HETATM    1  O    HOH     1      -8.863  16.944  14.289                       N  
HETATM  100  O    HOH    16     -15.352  11.525   5.325                       N  
HETATM  117  O    HOH    16     -12.954   9.717   5.182                       C  
HETATM  126  O    HOH    17     -19.225  11.667  -0.391                       C  
HETATM 1005  O    HOH    97       9.246  23.287  11.503                       O

这里的 x,y,z 坐标应该是数据类型 real(8.2) 和其他是右对齐的。x,y,z 值不是从程序生成的值。我放置了任意值。请帮我。

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3 回答 3

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您想使用 perl 的格式选项以预定义的方式呈现输出数据。

你可以在这里阅读。

你的例子，改写了一下：

for ($x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) {
    for ($y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) {
        for ($z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) {
        write;
        }
    }
}

format STDOUT_TOP =
1-6    7-11 13-16 18-20 23-26    31-38   39-46    47-54                      77-78
(Name) (S.No)                     (x)     (y)      (z)
.

format STDOUT =
HETATM    1  O    HOH     1      @<<<<<< @<<<<<<  @<<<<<<                     N
                                 $x      $y       $z
.

FORMAT_TOP每隔$=( 或) 打印一次，因此$FORMAT_LINES_PER_PAGE如果您希望它很少打印，或者如果您只想打印一次，请重置此变量。

输出示例：

1-6    7-11 13-16 18-20 23-26    31-38   39-46    47-54                      77-78
(Name) (S.No)                     (x)     (y)      (z)
HETATM    1  O    HOH     1      0       0        0                           N
HETATM    1  O    HOH     1      0       0        1.4                         N
HETATM    1  O    HOH     1      0       0        2.8                         N
HETATM    1  O    HOH     1      0       0        4.2                         N
HETATM    1  O    HOH     1      0       1.4      0                           N
HETATM    1  O    HOH     1      0       1.4      1.4                         N
HETATM    1  O    HOH     1      0       1.4      2.8                         N
HETATM    1  O    HOH     1      0       1.4      4.2                         N

我还有一个问题：当我打印带有小数点的数字时 

HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -8                          N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -6.6                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -5.2                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -3.8                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -2.4                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -1                          N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    0.4                         N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    1.8                         N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    3.2                         N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    4.6                         N
HETATM    1  O    HOH     1      0     -3.4    6                           N

在上面的列中，我需要在同一个索引中打印小数点。当我进行计算和更新值时，小数点在移动。我需要像这样的输出

HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -8.0                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -6.6                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -5.2                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -3.8                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -2.4                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4    -1.0                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4     0.4                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4     1.8                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4     3.2                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4     4.6                        N
HETATM    1  O    HOH     1      -10     -3.4     6.0                        N

编辑 1：
转储文件的示例：

open(DUMPFILE,">output.txt");

for ($x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) {
    for ($y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) {
        for ($z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) {
        write DUMPFILE;
        }
    }
}

close(DUMPFILE);


format DUMPFILE_TOP =
1-6    7-11 13-16 18-20 23-26    31-38   39-46    47-54                      77-78
(Name) (S.No)                     (x)     (y)      (z)
.

format DUMPFILE =
HETATM    1  O    HOH     1      @<<<<<< @<<<<<<  @<<<<<<                     N
                                 $x      $y       $z
.
于 2012-01-08T03:55:42.703 回答
1

据推测，您可以替换现有的：

        push @arr_grid, "$x  $y  $z\n";

有一些合适的变化：

        push @arr_grid, sprintf("%8.2f  %8.2f  %8.2f\n", $x, $y, $z);

这使您可以控制数字的格式。

于 2012-01-08T03:44:32.860 回答
1

您可以使用printf指定间距、对齐方式和有效数字。像这样的东西可能会起作用：

my @arr_grid;
for (my $x = 0.000; $x < 4.200; $x += 1.400) {
    for (my $y = 0.000; $y < 4.200; $y += 1.400) {
        for (my $z = 0.000; $z < 4.200; $z += 1.400) {
            push @arr_grid, [$x, $y, $z];
        }
    }
} 
foreach (@arr_grid) {
    printf "HETATM%5d %2s%2s HOH     1    %8.3f%8.3f%8.3f\n", 1, 'O', '', @$_;
}

尽管使用为 PDB 格式设计的 perl 模块可能更有意义，例如Chemistry::File::PDB或Bio::Structure::IO::pdb

于 2012-01-08T03:44:43.913 回答