3

我正在尝试绘制以大型 CSV 文件格式出现的基因测试的结果。CSV 中的每个 x,y 位置都是一个数字分数，其中大部分为零。我只对非零数据感兴趣。此外，每个 X 和 Y 标题的名称还有我想用来进一步对数据进行子集化的附加信息。我想做的是融合数据，用零值剥离所有行，然后对融合的数据进行字符串拆分，以提供可用于转换的额外列。但是，当我尝试对熔化的数据进行字符串拆分时遇到了问题。以下是命令和一些示例数据：

test <- read.csv("~/Documents/Bioinformatics/Python_Scripts/test.csv", as.is=TRUE)
smalltest <- test[1:10, 1:4]
small.melt <- melt(smalltest)
head(smalltest)
head(small.melt)

这导致以下数据：

head(small.test)
BlastCompare Triostin_A_2 Triostin_A_1 Myxochelin_2 Myxochelin_1 
HA9WEQA05FUABT_497_TxR_K2            0            0      105          120 
G9VUOJT08JA64I_426_TxC_N3            0            0  0            0 
HA9WEQA06G2SFP_457_TxC_J4            0            0     0            0 
HA9WEQA05GCP8Q_506_TxR_J7          150          150    0            0 
HA9WEQA07HU6MW_421_TxR_P7            0            0    0            0 
G9VUOJT05FST3W_399_TxR_J4            0            0    255          240

头（小熔体）

BlastCompare     variable value 
HA9WEQA05FUABT_497_TxR_K2Triostin_A_2     0  
G9VUOJT08JA64I_426_TxC_N3 Triostin_A_2     0 
HA9WEQA06G2SFP_457_TxC_J4 Triostin_A_2     0 
HA9WEQA05GCP8Q_506_TxR_J7 Triostin_A_2   150 
HA9WEQA07HU6MW_421_TxR_P7 Triostin_A_2     0 
G9VUOJT05FST3W_399_TxR_J4 Triostin_A_2     0

但是，当我尝试在 $variable 列上进行字符串拆分时会给出以下结果：

small.melt$name <- sapply(strsplit(small.melt$variable, "_") , "[", 1)
Error in strsplit(small.melt$variable, "_") : non-character argument

关于为什么的任何想法？或者如何解决这个问题？

谢谢扎克cp

4

1 回答 1

4

问题在于它small.melt$variable属于类factor，而strsplit()需要一个字符向量作为它的第一个参数。（它在上面和下面的精简示例中返回的错误消息几乎可以告诉您）：

f <- as.factor(c("a_b", "a_c"))
strsplit(f, "_")
Error in strsplit(f, "_") : non-character argument

为了strsplit()开心，只需使用as.character()将因子转换为字符向量：

sapply(strsplit(as.character(small.melt$variable), "_") , "[", 1)
#  [1] "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"  
#  [6] "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"   "Triostin"  
# [11] "Triostin"   "Triostin"   "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin"
# [16] "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin"
# [21] "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin" "Myxochelin"
于 2011-12-31T00:40:59.050 回答