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我正在尝试使用SHLIB（另存为foo.cpp）编译以下函数：

#include <Rcpp.h>

RcppExport SEXP foo( SEXP x, SEXP y){
        Rcpp::NumericVector xx(x), yy(y) ;
        int n = xx.size() ;
        Rcpp::NumericVector res( n ) ;
        double x_ = 0.0, y_ = 0.0 ;
        for( int i=0; i<n; i++){
                x_ = xx[i] ;
                y_ = yy[i] ;
                if( x_ < y_ ){
                        res[i] = x_ * x_ ;
                } else {
                        res[i] = -( y_ * y_) ;
                }
        }
        return res ;
}

我试试

$ R CMD SHLIB foo.cpp 
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64  -I/opt/local/include    -fPIC  -pipe -O2 -m64 -c foo.cpp -o foo.o
foo.cpp:1:18: error: Rcpp.h: No such file or directory
foo.cpp:3: error: 'RcppExport' does not name a type
make: *** [foo.o] Error 1

如何包含此文件，这是使用 Rcpp 编译独立函数的正确方法吗？当然，我已经安装了 Rcpp 和install.packages('Rcpp').

更新： 试图在 RI 中找到 Rcpp.h 的位置得到：

> system.file("lib", "Rcpp.h", package="Rcpp")
[1] ""
>

然而，

> Rcpp:::LdFlags()
/opt/local/lib/R/library/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a>

更新 2：

看着http://www.mail-archive.com/r-help@r-project.org/msg79185.html，我试过了

$ PKG_CPPFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'` \
>          PKG_LIBS=`Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()'` \
>          R CMD SHLIB foo.cpp
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -I/opt/local/lib/R/library/Rcpp/include -I/opt/local/include    -fPIC  -pipe -O2 -m64 -c foo.cpp -o foo.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/opt/local/lib -o foo.so foo.o /opt/local/lib/R/library/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a -L/opt/local/lib/R/lib/x86_64 -lR

它生成了foo.o和foo.so。我现在如何在 R 中导入它？

更新 3： 所以它可以从dyn.loadas

> dyn.load("foo.so")
> is.loaded("foo")
[1] TRUE

它可以成功调用为

> .Call("foo",x=as.numeric(c(1,2,3)),y=as.numeric(c(4,5,6)))
[1] 1 4 9

尽管该功能是不可见的。

> foo
Error: object 'foo' not found
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2 回答 2

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您的问题已在问题 2.4 中明确解决。Rcpp-FAQ的。

于 2011-12-07T21:20:36.940 回答
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我找到的答案是SHLIB需要提供 Rcpp 文件的位置。这可以作为

$ PKG_CPPFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'` \
>          PKG_LIBS=`Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()'` \
>          R CMD SHLIB foo.cpp

然后，编译后的文件可以在 R 中加载为

> dyn.load("foo.so")

它可以在 R 中称为

> .Call("foo",c(1,2,3),c(4,5,6))
于 2011-12-07T19:05:13.077 回答