python - Rpy2找不到函数

Question

我四处寻找错误找不到函数“someFunction”，这似乎是一个常见错误，但是我没有找到任何与 Rpy2 相关的错误。我想从我用 python 制作的矩阵制作热图。

def HeatMap(HeatData):
    RHeatMap = robjects.FloatVector([HeatData[i] for i in range(len(HeatData[:,1]))])
    HeatMap = robjects.r['matrix'](RHeatMap, nrow = len(HeatData[:,1]))
    robjects.r('HeatMap = %s' %HeatMap.r_repr())
    robjects.r('jsr.colors=colorRampPalette(c("green","black","red"),interpolate="linear")')
    robjects.r('heatmap(HeatMap, Rowv = NA, Colv = NA, col = topo.colors(100))')

该错误是由最后两行引起的，但是在 RI 中，这两个函数都没有问题。

谢谢

Answer 1

我在 Python2.7 和 rpy2 2.1.9 下的代码没有任何问题。

如果你直接调用 R 函数而不是使用字符串会发生什么？

HeatMap = robjects.r['matrix'](RHeatMap, nrow = len(HeatData[:,1]))
robjects.r['heatmap'](HeatMap, Rowv = robjects.NA_Integer, Colv = robjects.NA_Integer, col = robjects.r['topo.colors'](100))