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我正在尝试使用numpy.cov. 我收到以下错误：

Python(22498,0xa02e3720) malloc: *** mmap(size=1340379136) 失败（错误代码=12）
*** 错误：无法分配区域
*** 在 malloc_error_break 中设置断点进行调试

处理 Python 总线错误

似乎这对于 32 位机器/构建并不少见（我有一个 64 位 mac os x 10.5，但是使用 32 位 python 和 numpy 构建，因为我在 64- 上构建 numpy+scipy+matplotlib 时遇到了麻烦）位安装）。

那么在这一点上，如果不更换机器（目前我无法使用其他机器），那么推荐的行动方案是什么，可以让我继续进行分析？导出到 fortran/C？有一个简单的（r）解决方案吗？感谢您的建议。

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为了在你的位置，我会尝试在我的硬盘驱动器上“腌制”（保存）矩阵，关闭 python ，然后在命令行中重新打开腌制文件并在“新鲜的 python”实例上进行计算。

我会这样做，因为也许你的问题是在计算协方差之前。

import cPickle
import numpy
M = numpy.array([[1,2],[3,4]]) # here it will be your matrix
cPickle( M , open( "~/M.pic", "w") ) # here it's where you pickle the file

在这里你关闭 python。您的文件应作为“M.pic”保存在您的主目录中。

import cPickle
import numpy
M = cPickle.load( open( "~/M.pic", "r") )
M = numpy.coa( M )

如果它仍然不起作用，请尝试为您的数据设置一个“好的”dtype。numpy 接缝默认使用 'int64' 的 dtype 'float64'。这是巨大的，如果您不需要这种精度，您可能希望将其减少到“int32”或“float32”。

import numpy
M = numpy.array([[1,2],[3,4]] , dtype.float32 )

事实上，我可以向您保证，C/Fortran 不适合您。Numpy 已经用 C/Fortran 编写，并且可能是由比你我更聪明的人编写的；）

好奇，你的矩阵有多大？你的腌制文件有多大？

于 2011-11-28T14:31:52.743 回答