3

我正在尝试在 R 中制作热图，其中我的数据范围从 -5 到 +50。我希望 0 的值为白色，0 到 -5 之间的值在从白色到蓝色的渐变上着色，0 到 +50 之间的值从白色到红色着色。理想情况下，我还希望使用相同的缩放比例，即 -5 处的蓝色暗度与 +5 处的红色暗度相同。

我有热图的工作代码，整个数据集的渐变从蓝色到红色，白色着色点接近数据的平均值。

hv <- heatmap.2(data_matrix,
    scale="none",
    Rowv=NA, 
    Colv=NA, 
    col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")), 
    margins=c(5,5), 
    cexRow=0.5, cexCol=1.0,
    ylab= "Mutations",
    main = "heatmap", 
    key=TRUE,keysize=1.5, trace="none")

任何建议将不胜感激。

干杯!

4

2 回答 2

2

如果您的数据从 -5 变为 +50，正负值具有相同的渐变将使负颜色看起来几乎全白，

淘汰

相比之下，全色调版本是这样的，

全色

于 2011-11-25T07:40:04.317 回答
2

您需要将这些添加到您的功能中。

休息 = c(5/6* -5,5/6* -4,5/6* -3,5/6* -2,5/6* -1,0,5/6* 1,50/6 *1,50/6*2,50/6*3,50/6*4,50/6*5)

休息=休息

这指定了您在热图中使用的中断。您可能会尝试稍微捏造数字，并添加更多颜色和中断，中断数应为颜色数 + 1。

给出这个：

library(RColorBrewer) 
library(gplots)
data_matrix <- cbind(c(rnorm(30,-2.5,sd= 0.85),rnorm(30,25,sd= 8),rnorm(30,6,sd= 3)),
            c(rnorm(30,-2.5,sd= 0.85),rnorm(30,25,sd= 8),rnorm(30,6,sd= 3)),
            c(rnorm(30,-2.5,sd= 0.85),rnorm(30,25,sd= 8),rnorm(30,6,sd= 3)),
            c(rnorm(30,-2.5,sd= 0.85),rnorm(30,25,sd= 8),rnorm(30,6,sd= 3)))

breaks = c(5/6* -5, 5/6* -4, 5/6* -3, 5/6* -2, 5/6* -1, 0 ,5/6* 1, 50/6*1, 50/6*2, 50/6*3, 50/6*4, 50/6*5)
hv <- heatmap.2(data_matrix, 
    scale="none",
    Rowv=NA,
    Colv=NA,
    col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")),
    margins=c(5,5),
    cexRow=0.5, cexCol=1.0, 
    breaks=breaks,
    ylab= "Mutations",
    main = "heatmap",
    key=TRUE,keysize=1.5, trace="none")
于 2011-11-24T16:07:37.863 回答