r - 默认情况下，使用 read.zoo 停止将数据作为因子读取

Question

我正在使用zooR 中的包来分析时间序列数据。我有以下数据文件：

Date(dd-mm-yy),Time(hh:mm:ss),Julian_Day,AOT_1640,AOT_1020,AOT_870,AOT_675,AOT_667,AOT_555,AOT_551,AOT_532,AOT_531,AOT_500,AOT_490,AOT_443,AOT_440,AOT_412,AOT_380,AOT_340,Water(cm),%TripletVar_1640,%TripletVar_1020,%TripletVar_870,%TripletVar_675,%TripletVar_667,%TripletVar_555,%TripletVar_551,%TripletVar_532,%TripletVar_531,%TripletVar_500,%TripletVar_490,%TripletVar_443,%TripletVar_440,%TripletVar_412,%TripletVar_380,%TripletVar_340,%WaterError,440-870Angstrom,380-500Angstrom,440-675Angstrom,500-870Angstrom,340-440Angstrom,440-675Angstrom(Polar),Last_Processing_Date(dd/mm/yyyy),Solar_Zenith_Angle
29:03:2011,09:26:28,88.393380,N/A,0.490230,0.553836,0.707512,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,0.911939,N/A,N/A,0.984430,N/A,1.046517,1.081283,1.632430,N/A,4.597345,4.551429,3.216097,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,2.587552,N/A,N/A,2.694179,N/A,2.085042,2.522511,2.309844,0.851964,0.497006,0.789257,0.898093,0.362423,N/A,13/04/2011,58.822462
29:03:2011,09:41:28,88.403796,N/A,0.440362,0.513093,0.676703,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,0.893867,N/A,N/A,0.965588,N/A,1.034943,1.079975,1.654521,N/A,12.867837,12.687550,11.037238,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,9.345739,N/A,N/A,8.423888,N/A,8.421787,9.334135,1.622026,0.937815,0.529939,0.852553,0.999260,0.431102,N/A,13/04/2011,57.070624
29:03:2011,10:11:29,88.424641,N/A,0.565148,0.654724,0.842142,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,1.070556,N/A,N/A,1.144966,N/A,1.208759,1.242663,1.666760,N/A,9.933505,9.499251,8.327355,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,6.781617,N/A,N/A,6.612952,N/A,5.600500,5.630695,1.302058,0.826713,0.438445,0.736362,0.884554,0.316539,N/A,13/04/2011,53.916620
29:03:2011,10:17:46,88.429005,N/A,0.593881,0.681572,0.866620,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,1.095508,N/A,N/A,1.168008,N/A,1.233022,1.268572,1.704882,N/A,4.072782,3.752197,3.210935,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,2.389567,N/A,N/A,2.385582,N/A,1.653326,1.015620,0.728711,0.798185,0.427272,0.716165,0.853963,0.319100,N/A,13/04/2011,53.323057
29:03:2011,10:26:27,88.435035,N/A,0.636627,0.714175,0.884887,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,1.092220,N/A,N/A,1.167024,N/A,1.224264,1.271774,1.626393,N/A,16.400200,10.585139,6.513873,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,3.169704,N/A,N/A,4.085949,N/A,3.963741,8.663229,10.035231,0.724581,0.411533,0.659996,0.764539,0.329073,N/A,13/04/2011,52.544475

我正在尝试使用以下代码阅读它：

f <- function(d, t) as.chron(paste(as.Date(chron(d, format='d:m:y')), t))

z = read.zoo("110329_110329_Chilbolton.lev10", sep=',', header=T, index = 1:2, FUN=f, as.is=F, dec=".")

但是数据集的所有列都被视为因素 - 所以，当我这样做时，summary(z)我会得到如下输出：

X.TripletVar_340    X.WaterError X440.870Angstrom X380.500Angstrom X440.675Angstrom X500.870Angstrom
 1.015620:1        0.728711:1     0.724581:1       0.411533:1       0.659996:1       0.764539:1      
 2.522511:1        1.302058:1     0.798185:1       0.427272:1       0.716165:1       0.853963:1      
 5.630695:1        1.622026:1     0.826713:1       0.438445:1       0.736362:1       0.884554:1      
 8.663229:1        2.309844:1     0.851964:1       0.497006:1       0.789257:1       0.898093:1      
 9.334135:1       10.035231:1     0.937815:1       0.529939:1       0.852553:1       0.999260:1      

默认情况下，如何阻止它将数据作为因子读取？无需任何额外参数即可很好地读取数据，read.table以告诉它确保所有内容都保持为数字而不是因素 - 那么为什么read.zoo表现不同呢？

我想我可以使用 colClasses 来指定每列的类型，但我宁愿不这样做，以防数据集中列的顺序发生更改 - 默认情况下将其转换为数字，然后尝试使用因子不工作会好得多。

有任何想法吗？

Answer 1

您的数据文件对read.zoo.

首先，它用于N/A表示缺失值，而不是默认情况下期望的NA字符串read.table()。这可以通过设置来解决na.strings="N/A"。

第二个问题是数据文件的倒数第二列Last_Processing_Date.dd.mm.yyyy包含字符串。

但是，根据动物园常见问题解答文档（警告，PDF）：

“动物园”对象可以是 (1) 数值向量、(2) 数值矩阵或 (3) 因子，但不能同时包含数值向量和因子。

当“要求”读取包含两个数字字符值的一堆列时，将所有内容转换为因子是read.zoo()生成符合这三个标准之一的对象的唯一方法。

如果您删除有问题的列，并指定您的缺失值字符串，那么一切都会顺利进行。如果您确实需要数字列和因子列，上面链接的常见问题解答建议了几种可能的方法。

z <- read.table("110329_110329_Chilbolton.lev10", sep=",", header=T,
                stringsAsFactors=FALSE, na.strings="N/A")
z$Last_Processing_Date.dd.mm.yyyy. <- NULL
z <- zoo(x=z[,-1:-2], order.by=f(z[[1]], z[[2]]))
summary(z)

     Index                       Julian_Day       AOT_1640      AOT_1020     
 Min.   :(03/29/11 09:26:28)   Min.   :88.39   Min.   : NA   Min.   :0.4404  
 1st Qu.:(03/29/11 09:41:28)   1st Qu.:88.40   1st Qu.: NA   1st Qu.:0.4902  
 Median :(03/29/11 10:11:29)   Median :88.42   Median : NA   Median :0.5651  
 Mean   :(03/29/11 10:00:44)   Mean   :88.42   Mean   :NaN   Mean   :0.5452  
 3rd Qu.:(03/29/11 10:17:46)   3rd Qu.:88.43   3rd Qu.: NA   3rd Qu.:0.5939  
 Max.   :(03/29/11 10:26:27)   Max.   :88.44   Max.   : NA   Max.   :0.6366  

Answer 2

这已经被诊断出来了，但是让我们添加它，以便我们有一个read.zoo可以在这里使用的语句示例。

有两个问题：(1) NA 被表示为 N/A 而不是 NA，所以我们必须告诉它。(2)倒数第二列不是数字。zoo 将数据表示为矩阵，因此它必须都是数字的（也支持因子 zoo 对象，但它们不能混合）。

试试这个（我们在示例中添加了第二条数据线以获得良好的测量结果）。确保使用最新版本的 zoo 来运行示例数据，因为text=参数（它指定数据本身的文本而不是文件名）是最近才添加的。另请注意，R 内部?read.zoo提供了帮助并vignette("zoo-read")提供了一个完全致力于read.zoo示例的文档。

Lines <- "Date(dd-mm-yy),Time(hh:mm:ss),Julian_Day,AOT_1640,AOT_1020,AOT_870,AOT_675,AOT_667,AOT_555,AOT_551,AOT_532,AOT_531,AOT_500,AOT_490,AOT_443,AOT_440,AOT_412,AOT_380,AOT_340,Water(cm),%TripletVar_1640,%TripletVar_1020,%TripletVar_870,%TripletVar_675,%TripletVar_667,%TripletVar_555,%TripletVar_551,%TripletVar_532,%TripletVar_531,%TripletVar_500,%TripletVar_490,%TripletVar_443,%TripletVar_440,%TripletVar_412,%TripletVar_380,%TripletVar_340,%WaterError,440-870Angstrom,380-500Angstrom,440-675Angstrom,500-870Angstrom,340-440Angstrom,440-675Angstrom(Polar),Last_Processing_Date(dd/mm/yyyy),Solar_Zenith_Angle
29:03:2011,09:26:28,88.393380,N/A,0.490230,0.553836,0.707512,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,0.911939,N/A,N/A,0.984430,N/A,1.046517,1.081283,1.632430,N/A,4.597345,4.551429,3.216097,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,2.587552,N/A,N/A,2.694179,N/A,2.085042,2.522511,2.309844,0.851964,0.497006,0.789257,0.898093,0.362423,N/A,13/04/2011,58.822462
29:03:2012,09:26:28,88.393380,N/A,0.490230,0.553836,0.707512,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,0.911939,N/A,N/A,0.984430,N/A,1.046517,1.081283,1.632430,N/A,4.597345,4.551429,3.216097,N/A,N/A,N/A,N/A,N/A,2.587552,N/A,N/A,2.694179,N/A,2.085042,2.522511,2.309844,0.851964,0.497006,0.789257,0.898093,0.362423,N/A,13/04/2011,58.822462"

library(chron)
library(zoo)
colClasses <- c("character", "character", rep("numeric", 43))
colClasses[44] <- "NULL" # zap the non-numeric column
z <- read.zoo(text = Lines, header = TRUE, sep = ",", na.strings = "N/A",
    index = 1:2, colClasses = colClasses, FUN = function(d, t)
        as.chron(paste(d, t), "%d:%m:%Y %H:%M:%S"))

Answer 3

问题似乎是您正在从 Excel 文件导入并且没有花时间将“N/A”值转换为正确的 NA 值。这导致列被视为非数字。zoo 包需要 coredata 是一个矩阵，这严重限制了可用于处理的选项。一切都必须是数字的。即使你输入 stringsAsFactors = FALSE 你仍然会得到你期望数字的字符列。

如果您使用 read.table 阅读并设置as.is=TRUE,，则可以克服因素问题。然后，您需要强制转换为数字的列，并删除名称为“Last_Processing_Date.dd.mm.yyyy”的尾随日期列。

我会先这样做：

z = read.table(file.choose(), sep=',', header=T,  as.is=TRUE, dec=".")

然后选择要强制为数字的列：

z[ , 3:43] <- sapply(z[ , 3:43], as.numeric)

在第 44 列中保持该日期列完整。然后决定哪些列应该进入动物园对象。

编辑：我看到 Gabor Grothendieck 也解决了这些问题，因为他是该软件包的作者之一，所以应该如此。

Answer 4

在将让你传递一个...到。这应该够了吧。read.zoo()stringsAsFactors = Fread.table()