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我有一个 S4 类的对象，如下所示：

> gadem
   Object of class 'gadem' 
   This object has the following slots: 
   motifs,pwm,consensus,align,name,seq,chr,start,end,strand,seqID,pos,pval,fastaHeader

> 加德姆[[1]]
“主题”类的对象
插槽“pwm”：
       1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
0.3404 0 0.0000 0.6375 0.2723 0.3173 0 0.0002 0.3126 0 0.4969
C 0.4281 0 0.8708 0.1474 0.0767 0.1122 0 0.0000 0.0981 1 0.2558
G 0.1414 0 0.0000 0.0361 0.4153 0.5088 0 0.1134 0.0532 0 0.0000
T 0.0901 1 0.1292 0.1790 0.2357 0.0617 1 0.8864 0.5361 0 0.2473

插槽“共识”：
[1]“mTCAnrTTwCm”

插槽“对齐列表”：
[[1]]
“对齐”类的对象
插槽“序列”：
[1] “CTCAGGTTTCA”

插槽“chr”：
[1] “chr12”

插槽“开始”：
[1] 29470324

插槽“结束”：
[1] 29470423

插槽“链”：
[1] "+"

插槽“seqID”：
[1] 5239

插槽“位置”：
[1] 67

插槽“pval”：
[1] 1.862121e-09

插槽“fastaHeader”：
[1] 5239


    [[2]]
“对齐”类的对象
插槽“序列”：
[1] “CTCAGGTTTCA”

插槽“chr”：
[1] "chr18"

插槽“开始”：
[1] 4862453

插槽“结束”：
[1] 4862571

插槽“链”：
[1] "+"

插槽“seqID”：
[1] 12645

插槽“位置”：
[1] 68

插槽“pval”：
[1] 1.862121e-09

插槽“fastaHeader”：
[1] 12645

从这个对象，我想生成一个包含 Slot Seq | 列的文件。插槽字符 | 插槽开始 | 槽尾 | 槽钢 | 插槽 seqID | 插槽位置 | 插槽 pval | 插槽 fastaHeader。

如何从上面的 S4 对象生成和编写这样的 .txt 文件？

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1 回答 1

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具有这些插槽的 gadem-object 中的项目位于 alignList 插槽中。rGADEM 包中描述的提取器功能似乎并不多，因此@Martin Morgans 的评论是正确的，但在这里并不完全有帮助。我没有得到太多帮助showMethods( classes="gadem")。如果你想在 'gadem' 的 alignList 槽中显示第一个 align-class 对象，你可以输入：

gadem[[1]]@alignList[[1]]

您可以通过以下方式获取此类对象的数量：

length(gadem[[1]]@alignList)

如果您想将它们保存到二进制 R 文件中，以便以后可以load-ed，您可以使用以下内容：

algns <- gadem[[1]]@alignList
save(algns, file="testgadem.rdta")

使用文章“发现和分析 DNA 序列基序：rGADEM 包”中的示例。通过 Arnaud Droit 和 Raphael Gottardo，可以使用此循环将 alignList 项提取到常规数据帧中：

dfrm <- data.frame( Seq=rep(NA, 54), chr=NA, start =NA, end =NA, strand=NA, 
                    seqID=NA, pos=NA, pval =NA, fastaHeader=NA)  

for (i in 1:54) {  dfrm[i, "Seq"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@seq
               dfrm[i, "chr"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@chr
              dfrm[i, "start"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@start
              dfrm[i, "end"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@end
              dfrm[i, "start"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@start
              dfrm[i, "strand"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@strand
              dfrm[i, "seqID"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@seqID
              dfrm[i, "pos"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@pos
              dfrm[i, "pval"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@pval
              dfrm[i, "fastaHeader"] <- gadem[[1]]@alignList[[i]]@fastaHeader}
 str(dfrm)
#--------------------
'data.frame':   54 obs. of  9 variables:
 $ Seq        : chr  "CTGTGTCAACAG" "CTGTGTAAACAC" "CTGAGTCAACAC" "GTGAGTCAACAG" ...
 $ chr        : chr  "chr1" "chr1" "chr1" "chr1" ...
 $ start      : int  202320096 21451068 22547577 117197889 188010599 36725231 144254018 35024860 35024860 43552181 ...
 $ end        : int  202320297 21451269 22547778 117198090 188010800 36725432 144254219 35025061 35025061 43552382 ...
 $ strand     : chr  "+" "-" "-" "-" ...
 $ seqID      : int  23 26 9 8 45 15 30 50 50 38 ...
 $ pos        : int  93 98 121 82 183 160 142 21 117 104 ...
 $ pval       : num  2.48e-07 4.44e-07 5.68e-07 6.85e-07 1.31e-06 ...
 $ fastaHeader: int  23 26 9 8 45 15 30 50 50 38 ...
于 2011-11-13T04:11:17.317 回答