r - 如何在 R 中只打印 4 位而不是科学记数法的 p 值？

Question

如何在 R 中只打印 4 位而不是科学记数法的 p 值？我尝试使用选项（数字 = 3，scipen = 12），但它不起作用......这是一个例子......

>options(digits=3, scipen=12) 
>Oi <- c(A=321, B=712, C=44) 
>Ei <- c(A=203, B=28, C=6) 
>chisq.test(Oi, p=Ei,rescale.p=T)"

Answer 1

不太确定你想要什么。感谢您提供可重现的示例：输出是

cc <- chisq.test(Oi,p=Ei,rescale.p=TRUE)

print(cc)
    Chi-squared test for given probabilities

data:  Oi 
X-squared = 3090, df = 2, p-value < 0.00000000000000022

检查对象的结构会发现，在这种情况下，p 值已下溢到恰好为零：

List of 9
 $ statistic: Named num 3090
  ..- attr(*, "names")= chr "X-squared"
 $ parameter: Named num 2
  ..- attr(*, "names")= chr "df"
 $ p.value  : num 0
 $ method   : chr "Chi-squared test for given probabilities"
 $ data.name: chr "Oi"
 $ observed : Named num [1:3] 321 712 44
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 $ expected : Named num [1:3] 922.5 127.2 27.3
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 $ residuals: Named num [1:3] -19.8 51.8 3.2
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 $ stdres   : Named num [1:3] -52.29 55.2 3.25
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 - attr(*, "class")= chr "htest"

我认为，如果您想从该测试中获得确切的 p 值，则必须采取一些措施：

(pval <- pchisq(3090,2,lower.tail=FALSE,log.p=TRUE))
[1] -1545

所以这大约是 10^ pval/log(10)= 10^(-671) [R 的最小可表示值通常在 1e-308 左右，请参阅.Machine$double.xmin]

Answer 2

我也不确定你想要什么，但我猜你正在寻找类似 <0.0001 的东西，类似于 SAS 输出的东西。我会使用这个format.pval函数，或者可能printCoefmat，这取决于你有多少测试。 eps是公差；低于该值的值打印为< [eps].

Oi <- c(A=321, B=712, C=44) 
Ei <- c(A=203, B=28, C=6) 
tt <- chisq.test(Oi, p=Ei,rescale.p=T)

format.pval(tt$p.value, eps=0.0001)   
# [1] "<0.0001"

ttp <- data.frame(Chisq=tt$statistic, p.value=tt$p.value)
rownames(ttp) <- "Oi vs Ei"
printCoefmat(ttp, has.Pvalue=TRUE, eps.Pvalue=0.0001)    
#          Chisq p.value    
# Oi vs Ei  3090 <0.0001 ***
# ---
# Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1