python - R或python中的隐马尔可夫模型实现

Question

你知道关于如何在 python、R（Bioconductor）中实现 HMM 的任何好的文献和/或教程吗？（尤其是序列分析）

Answer 1

CRAN 上有 HMM 包，这可能是一个很好的起点。

http://cran.at.r-project.org/web/packages/HMM/index.html

这很容易从 R 本身找到：

RSiteSearch("HMM")

Answer 2

GHMM for python 有一个教程，但很短，他们承认“目前，GHMM 完全缺乏文档。 ”

我喜欢拉宾纳论文。

我有一份关于使用 HMM 进行基因图谱的技术报告。

我建议阅读一些 Rabiner，然后实现一些东西。前向/后向方程只是几行。