我正在寻找一个简单的 C++ 库，用于从 pdb 文件中提取原子坐标。我遇到的大多数人都为我的简单需求做了太多，使它们变得不必要地复杂。
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自从我使用任何东西来做到这一点已经有好几年了，我只使用过 python 库。（我实际上在罗格斯大学的 PDB 做过暑期工作）。
我认为您要使用的是用于 C++ 的 OEChem（那是睁大眼睛……也有一个 python 库）。
我记得的另一个 python 库是 pymmlib（Python Macromolecular Library）。它也可能适用于 C++，但我认为它是专有软件，因此您需要许可证。
我希望我记得更多......希望这会有所帮助。我认为不会有轻量级的解决方案，除非您想自己编写代码。
于 2009-04-11T17:50:26.633 回答
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ESBTL（简单结构生物学模板库）（http://esbtl.sourceforge.net/）是一个相当新的库，可能非常适合您的需求。它本身非常轻量级（仅标题），尽管它确实依赖于 Boost 库，这可能会或不会让您失望。
描述它的论文摘要可以在这里找到：（http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/8/1127.abstract）
于 2010-12-06T15:13:42.387 回答