r - 计算R中两个基因序列之间的百分比差异

Question

我无法在问题或 R 包中找到这个，希望是直截了当的。

取两个假设的基因序列：

Sequence A: ATG CGC AAC GTG GAG CAT
Sequence B: ATG GGC TAC GTG GAT CAA

我想让 R 代码生成两个序列之间单核苷酸的百分比差异（例如 15%）。

有什么想法吗？提前致谢。

Answer 1

如果我正确理解你的问题，那么你只需要做一个简单的字符串比较。例如，

R> seq1 = c("A", "T", "G", "C", "G", "C", 
            "A", "A", "C", "G", "T", "G", 
            "G", "A", "G", "C", "A", "T")
R> seq2 = c("A", "T", "G", "G", "G", "C", 
            "T", "A", "C", "G", "T", "G", 
            "G", "A", "G", "C", "A", "A")
R> seq1 != seq2
 [1] FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
R> sum(seq1 != seq2)/length(seq1)*100
[1] 16.67

要以上述格式获取数据，请查看strsplit函数。