r - 根据个体稀有我的物种数据

Question

我是 R 新手，所以我提前道歉。我沿海拔梯度对飞蛾进行了采样，共有 8 个不同的地点。我在每个海拔高度都有不相等的采样夜。由于我的采样夜不均等，我想通过根据我得到的个体稀有我的物种来标准化我的物种。我对如何稀释我的物种数据感到困惑。从稀有包（rarefy（x，sample，se = FALSE，MARGIN = 1），我不明白如何指定我的样本/子样本编号。这将是我从网站获得的最少人数吗？非常感谢你

Answer 1

是的，为了解决抽样不均匀的问题，您通常会稀少到您从一个站点获得的最少人数。下面是一个例子：

library(vegan)
data(BCI)
# Your data should be organised like the BCI data - species in columns, sites in rows.

# Use rowSums to find the minimum number found at a site:
raremax <- min(rowSums(BCI))

# Rarefy to that number
rarefied_data <- rrarefy(BCI, raremax)

这为您提供了一个格式相同的表（物种 x 站点），其中所有行的总和为相同的数字。

请注意，还有其他方法可以处理不均匀采样，有些人认为稀疏化会不必要地丢弃数据。以下论文正在讨论微生物群落，但这些论点仍然与飞蛾有关：

https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003531 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.09.09.290049v1.full