bash - 对于每一行，用另一个字符替换第 2 次和第 3 次出现的字符，Bash

Question

我正在尝试重新格式化参考图例文件以使其与 bcftools 兼容。

本质上，我需要从这个出发：

id position a0 a1 TYPE AFR AMR EAS EUR SAS ALL
1:123:A:T 123 A T SNP 0.01 0.01 0 0 0 0.01
1:679:A:T 123 A T SNP 0.01 0.01 0 0 0 0.01

对此：

id position a0 a1 TYPE AFR AMR EAS EUR SAS ALL
1:123_A_T 123 A T SNP 0.01 0.01 0 0 0 0.01
1:679_A_T 123 A T SNP 0.01 0.01 0 0 0 0.01

理想情况下使用 bash。

score 1 · Accepted Answer

如果sed是一个选项：

sed 's/:/_/2; s/:/_/2' file > reformatted_file

（此命令s/:/_/2将第二个“：”替换为下划线，然后将第三个“：”替换为下划线，尽管从技术上讲它现在是第二个“：”（s/:/_/2），因为第一个已经更改了。这有意义吗?)

或仅使用 bash：

while read -r line
do
    tmp="${line//:/_}"
    echo "${tmp/_/:}"
done < file > reformatted_file

（*这适用于您的示例，但是用下划线替换每个“：”，然后将第一个更改回“：”可能会对您的文件产生意想不到的影响，例如它可能会弄乱您的标题）

1 回答 1