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我正在尝试运行 python 脚本来计算脂质相互作用。python脚本下载自： https ://pylipid.readthedocs.io/en/master/demo.html

当我运行脚本时，不断弹出以下错误。

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TypeError：compute_residue_koff() 得到了一个意外的关键字参数“fig_format”

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我在下面粘贴的脚本中用粗体突出显示了错误行。

以下是代码：

import numpy as np

import matplotlib.pyplot as plt 

from pylipid.api import LipidInteraction

from pylipid.util import check_dir


trajfile_list = ["input.xtc"]

topfile_list = ["input.gro"]  

dt_traj = None  

stride = 1   

lipid = "CHOL"   

lipid_atoms = None  

cutoffs = [0.5, 0.8] 

nprot = 1   

binding_site_size = 4  

n_top_poses = 3     

n_clusters = "auto"  

save_dir = None  

save_pose_format = "gro"  

save_pose_traj = True  
                       
save_pose_traj_format = "xtc"  

timeunit = "us"  

resi_offset = 0  

radii = None  

pdb_file_to_map = None   
                         
fig_format = "pdf"  

num_cpus = None  
                 

#### calculate lipid interactions
li = LipidInteraction(trajfile_list, topfile_list=topfile_list, 

cutoffs=cutoffs, lipid=lipid, lipid_atoms=lipid_atoms, nprot=1, 

resi_offset=resi_offset, timeunit=timeunit, save_dir=save_dir, 

stride=stride, dt_traj=dt_traj)

li.collect_residue_contacts()

li.compute_residue_duration(residue_id=None)

li.compute_residue_occupancy(residue_id=None)

li.compute_residue_lipidcount(residue_id=None)

li.show_stats_per_traj(write_log=True, print_log=True)

li.compute_residue_koff(residue_id=None, plot_data=True, 

fig_close=True, fig_format=fig_format, num_cpus=num_cpus)

li.compute_binding_nodes(threshold=binding_site_size, 

print_data=False)

if len(li.node_list) == 0:

    
else:

    li.compute_site_duration(binding_site_id=None)

    li.compute_site_occupancy(binding_site_id=None)

    li.compute_site_lipidcount(binding_site_id=None) 

    li.compute_site_koff(binding_site_id=None, plot_data=True, 

fig_close=True, fig_format=fig_format, num_cpus=num_cpus) 

    pose_traj, pose_rmsd_data = 

li.analyze_bound_poses(binding_site_id=None,pose_format=save_pose_format,                                               

n_top_poses=n_top_poses, n_clusters=n_clusters,

 fig_format=fig_format, num_cpus=num_cpus)

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任何帮助将不胜感激。

提前致谢 ！！！

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2 回答 2

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pylipid 源代码显示此参数是在 1.5.10 中添加的，因此您至少需要使用该版本。

于 2022-02-18T14:18:21.070 回答
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我还安装了 pylipid（1.5.0 版），在运行演示代码时遇到了同样的问题。于是查看了“pylipid”包的api.py，发现demo代码的“####calculate脂质相互作用”中的函数没有“fig_format”参数。也许删除“####calculate 脂质相互作用”中的“fig_format = fig_format”输入会有所帮助。

于 2022-02-18T05:38:02.977 回答