使用AWK的以下命令作为独立命令我没有任何问题,没有任何错误:
$ awk '$9 != "NTM" && $9 != ""' myfile.txt | less -Sn
但是当我在 Perl 的qsub脚本中应用它们(即在 linux 集群中运行作业)命令时,如下所示:
use strict;
use Data::Dumper;
use Carp;
use File::Basename;
my $path = "/mypath/";
my @files = glob($path."*.txt");
foreach my $file ( @files ) {
print "$file\n";
wy $base = basename($file,".fc-gn_".$type);
my $nn = $path.$base.".out";
print "$file $nn\n";
open PIPE, "| qsub" or die $!;
print PIPE <<EOF;
#!/bin/sh
#PBS -N CLEAN
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -r n
awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn
EOF
}
它给出了以下错误
awk: cmd. line:1: != "NTM" && !=""
awk: cmd. line:1: ^ syntax error
正确的方法是什么?