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使用AWK的以下命令作为独立命令我没有任何问题,没有任何错误:

$ awk '$9 != "NTM" && $9 != ""' myfile.txt  | less -Sn

但是当我在 Perl 的qsub脚本中应用它们(即在 linux 集群中运行作业)命令时,如下所示:

use strict;
use Data::Dumper;
use Carp;
use File::Basename;

my $path = "/mypath/"; 
my @files = glob($path."*.txt");

foreach my $file ( @files ) {
print "$file\n";
    wy $base = basename($file,".fc-gn_".$type);
    my $nn = $path.$base.".out";

print "$file $nn\n";

    open PIPE, "| qsub" or die $!; 
    print PIPE <<EOF;
#!/bin/sh 
#PBS -N CLEAN
#PBS -l nodes=1:ppn=2 
#PBS -r n 

awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn


EOF

}   

它给出了以下错误

awk: cmd. line:1:  != "NTM" &&  !=""
awk: cmd. line:1:  ^ syntax error

正确的方法是什么?

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2 回答 2

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在所有变量之前放置一个"\"字符将修复它。"$9"Perl 本身正在解析它们。

以下脚本:

print <<EOF;
awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn
EOF

输出:

awk ' != "NTM" &&  !=""'  >

但:

print <<EOF;
awk '\$9 != "NTM" && \$9 !=""' \$file > \$nn
EOF

输出:

awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn

但是,由于您希望$file并被$nnPerl 解释,因此实际的行应该是:

awk '\$9 != "NTM" && \$9 !=""' $file > $nn
于 2009-04-02T01:39:05.500 回答
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您可以使用反斜杠解决方案,或者使用以下方法使其更具视觉吸引力:

print <<'EOF'

(并且没有反斜杠),如果你喜欢 Perl,你可能想试试 gearman,这真的很酷。

于 2009-04-02T01:56:32.977 回答