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当我要在docker 映像和 os ubuntu 18.04 中使用scikit-allel库读取 VCF 文件时出现错误。它表明

raise RuntimeError('VCF 文件缺少强制标题行 ("#CHROM...")') RuntimeError: VCF 文件缺少强制标题行 ("#CHROM...")

但在 VCF 文件中是格式良好的。

这是我如何申请的代码：

import pandas as pd
import os
import numpy as np
import allel
import tkinter as tk
from tkinter import filedialog
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import norm

GenomeVariantsInput = allel.read_vcf('quartet_variants_annotated.vcf', samples=['ISDBM322015'],fields=[ 'variants/CHROM', 'variants/ID', 'variants/REF',
 'variants/ALT','calldata/GT'])

安装的版本：Python 3.6.9 Numpy 1.19.5 pandas 1.1.5 scikit-allel 1.3.5

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1 回答 1

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您需要在第一行添加这样的一行：

#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003

但它不是所有文件都是静态的，你必须Header为你的文件做一个上面的类似。（我建议先试试这个标题，如果有错误，然后自定义它）

于 2021-12-18T14:33:10.440 回答