我需要列出大量文件（40,000 个文件），如下所示：
ERR001268_1_100.fastq ERR001268_2_156.fastq ERR001753_2_78.fastq
ERR001268_1_101.fastq ERR001268_2_157.fastq ERR001753_2_79.fastq
ERR001268_1_102.fastq ERR001268_2_158.fastq ERR001753_2_7.fastq
ERR001268_1_103.fastq ERR001268_2_159.fastq ERR001753_2_80.fastq
我的命令是：ls ERR*_1_*.fastq |sed 's/\.fastq//g'|sort -n > masterlist
但是错误是：bash: /bin/ls: Argument list too long
但是我能解决这个问题吗？perl/python 还有其他方法可以制作这样的列表吗？
谢谢
您应该可以替换ls ERR*_1_*.fastq为find . -name "ERR*_1_*.fastq".
这样，您可以避免将通配符扩展为一个巨大的参数列表。
（find输出将包括一个前导的“./”，例如./ERR001268_1_100.fastq。如果不希望这样做，您可以sed稍后在管道中使用另一个命令将其删除。）
如果文件已经全部存在于您的目录中，则 python 的“glob”模块可能比 bash 的命令行具有更高的限制。
从命令行：
python -c "import glob; print glob.glob('ERR_*_1_*.fastq')"
要在 python 中完成所有操作，您可以尝试以下操作：
import glob
files = glob.glob("ERR_*_1_*.fastq")
trimmedfiles = [x.replace(".fastq","") for x in files]
trimmedfiles.sort()
for f in trimmedfiles:
print f
此解决方案将按字母顺序对文件进行排序，而不是按数字排序。为此，您可能需要在 sort() 方法中添加一些 key=lambda 魔法：
trimmedfiles.sort(key=lambda f: int(f.split("_")[2]))
Find 可能会对您有所帮助 - 而不是 ls 使用find . -name 'yourpatternhere' -print0 | xargs -0 youractionhere
您可以使用find.
例子：
find /Users/kunlun/Downloads/fu_neg/ -name "*.png" >
/Users/kunlun/Downloads/fu_neg.txt