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我对 RShiny、Golem 和 Docker 比较陌生。但是，我已经使用 Golem 框架构建了一个小型分析仪表板，我想使用 Docker 在本地部署它。

我已经能够成功构建映像，但似乎无法让容器正常运行。当我这样做时，容器初始化然后停止并出现以下错误：

> options('shiny.port'=80,shiny.host='0.0.0.0');ShinyPlatform::run_app()
Error in loadNamespace(x) : there is no package called ‘ShinyPlatform’
Calls: loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
Execution halted

如果有任何帮助，我用来运行的命令如下：

docker run shinytest2

我也在与 Rshiny 应用程序相关的项目文件夹中工作（不知道这是否有帮助）。

细节是它使用 renv 和 golem 框架，以及 CRAN 和本地包的混合。下面是我目前正在使用的 dockerfile，其中大部分是使用golem::add_dockerfile(). 我修改的唯一行如下：

RUN R -e 'install.packages("renv/local/LocalPackage1_0.1.0.tar.gz", repos= NULL, type = "source")'

RUN R -e 'install.packages("renv/local/ShinyPlatform_0.0.0.9000.tar.gz", repos = NULL, type = "source")'

上面的第一个是为了解决由于 LocalPackage1 被放置在另一个文件夹中而找不到的错误。第二行更像是我尝试的尝试，看看我是否可以做同样的事情来解决当前的错误，到目前为止还没有这样的运气，所以我很确定这是错误的。

这是整个 docker 文件：

FROM rocker/r-ver:4.1.1
RUN apt-get update && apt-get install -y  git-core libcairo2-dev libcurl4-openssl-dev libgit2-dev libicu-dev libssl-dev libxml2-dev make pandoc pandoc-citeproc zlib1g-dev && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
RUN echo "options(repos = c(CRAN = 'https://cran.rstudio.com/'), download.file.method = 'libcurl', Ncpus = 4)" >> /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site
RUN R -e 'install.packages("remotes")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("magrittr",upgrade="never", version = "2.0.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("glue",upgrade="never", version = "1.4.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("processx",upgrade="never", version = "3.5.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("testthat",upgrade="never", version = "3.1.0")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("htmltools",upgrade="never", version = "0.5.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("attempt",upgrade="never", version = "0.3.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("shiny",upgrade="never", version = "1.7.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("config",upgrade="never", version = "0.3.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("spelling",upgrade="never", version = "2.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("thinkr",upgrade="never", version = "0.15")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("shinyWidgets",upgrade="never", version = "0.6.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("shinydashboard",upgrade="never", version = "0.7.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("renv",upgrade="never", version = "0.14.0")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("readxl",upgrade="never", version = "1.3.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("gt",upgrade="never", version = "0.3.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("golem",upgrade="never", version = "0.3.1")'
RUN R -e 'install.packages("renv/local/LocalPackage1_0.1.0.tar.gz", repos= NULL, type = "source")'
RUN R -e 'install.packages("renv/local/ShinyPlatform_0.0.0.9000.tar.gz", repos = NULL, type = "source")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("DT",upgrade="never", version = "0.19")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("DBI",upgrade="never", version = "1.1.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("data.table",upgrade="never", version = "1.14.0")'
RUN echo "options(repos = c(CRAN = 'https://cran.rstudio.com/'), download.file.method = 'libcurl', Ncpus = 4)" >> /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site
RUN mkdir /build_zone
ADD . /build_zone
WORKDIR /build_zone
RUN rm -rf /build_zone
EXPOSE 80
CMD R -e "options('shiny.port'=80,shiny.host='0.0.0.0');ShinyPlatform::run_app()"

想知道是否有人对为什么我的容器停止并且似乎无法在其中找到闪亮的应用程序有任何想法？

如前所述，我对 RShiny、Golem 和 Docker 都很陌生，所以如果我遗漏了任何关键信息，请告诉我，我可以更新这篇文章。

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这是我对发生了什么的猜测：

  • 在应用程序工作目录中启动的 R 进程将使用项目本地库（由 提供renv）；

  • 在其他工作目录中启动的 R 进程将使用默认用户/站点库（取决于 R 的配置方式）

在您的 Dockerfile 中，您首先安装所有包，然后再设置WORKDIR到应用程序的目录。这可能意味着这些包都被安装到用户/站点库中，这些库通常对renv项目不可见。

一般来说，如果你正在使用renv，它应该足够了：

WORKDIR /path/to/project
RUN R -e 'renv::restore()'
RUN R -e <code>

<code>运行应用程序所需的 R 代码在哪里。（在 Dockerfile 中酌情包括ADD和声明。）COPY

https://rstudio.github.io/renv/articles/docker.html上的文档也可能会有所帮助。

于 2021-11-21T18:14:35.927 回答
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你的包是否成功安装在你的 Docker 镜像中？的日志中的输出是RUN R -e 'install.packages("renv/local/ShinyPlatform_0.0.0.9000.tar.gz", repos = NULL, type = "source")什么？

代码中的这个错误通常意味着包含应用程序的包没有正确安装——问题是 install.packages 在失败时不会抛出正确的退出代码，因此即使打包的应用程序失败，Docker 映像仍然可以编译要安装。

是

RUN R -e 'install.packages("renv/local/LocalPackage1_0.1.0.tar.gz", repos= NULL, type = "source")'
RUN R -e 'install.packages("renv/local/ShinyPlatform_0.0.0.9000.tar.gz", repos = NULL, type = "source")'

成功的 ？

这些文件在哪里复制到 Docker 构建中？你应该在你的 Dockerfile 的某个地方有一些看起来像的东西

ADD renv ./renv

让这些 tar.gz 可用于构建上下文。

科林

于 2021-11-25T09:06:28.727 回答