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我正在尝试使用plink1.9将多等位基因拆分为双等位基因。输入是

1       chr1:930939:G:A 0       930939  G       A
1       chr1:930947:G:A 0       930947  A       G
1       chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0       930952  A       G

它所做的是：

1       chr1:930939:G:A 0       930939  G       A
1       chr1:930947:G:A 0       930947  A       G
1       chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0       930952  A       G
1       chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0       930952  A       G

我期望的是：

1       chr1:930939:G:A 0       930939  G       A
1       chr1:930947:G:A 0       930947  A       G
1       chr1:930952:G:A 0       930952  A       G
1       chr1:930952:G:C 0       930952  A       G

请帮助我按照我的期望制作一个 vcf 或 ped 或映射文件。谢谢你。

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我使用 bcftools 来完成任务。

https://github.com/samtools/bcftools/issues/1193

于 2021-11-17T09:45:07.663 回答