我正在使用 std::bitset 来表示短 DNA 序列(单倍型)。出于我的目的,我需要能够将每个这样的序列转换为一个整数。目前,由于 std::bitset::to_ullong 的工作方式,这个要求似乎将我的序列长度限制为 <=64?
由于在 C++ 中有表示 128 位整数的方法(C++ 中有 128 位整数吗?),我想知道在 std::bitset 也支持直接转换为 128 位整数之前需要多长时间?
当然,我会很高兴得知我错了,而且已经可以做到了……
谢谢!
我正在使用 std::bitset 来表示短 DNA 序列(单倍型)。出于我的目的,我需要能够将每个这样的序列转换为一个整数。目前,由于 std::bitset::to_ullong 的工作方式,这个要求似乎将我的序列长度限制为 <=64?
由于在 C++ 中有表示 128 位整数的方法(C++ 中有 128 位整数吗?),我想知道在 std::bitset 也支持直接转换为 128 位整数之前需要多长时间?
当然,我会很高兴得知我错了,而且已经可以做到了……
谢谢!
您可以随时提供自己的:
#include <climits>
#include <cstdint>
#include <limits>
#include <bitset>
static_assert(sizeof(unsigned long long) == 8 && CHAR_BIT == 8);
struct my_uint128_t {
std::uint64_t lo;
std::uint64_t hi;
};
template<std::size_t N>
my_uint128_t to_uint128_t(const std::bitset<N>& v) {
constexpr std::bitset<N> mask(std::numeric_limits<std::uint64_t>::max());
std::uint64_t lo = (v & mask).to_ullong();
std::uint64_t hi = ((v >> 64) & mask).to_ullong();
return {lo, hi};
}
但是,这会产生一些技术上不安全的假设,例如unsigned long long
64 位。有static_assert
帮助,但更好的解决方案是实际考虑可能的差异:
#include <climits>
#include <limits>
#include <bitset>
#include <array>
template<std::size_t BITS>
struct my_uint_t {
static constexpr std::size_t num_parts =
(BITS / CHAR_BIT + (BITS % CHAR_BIT > 0)) / sizeof(unsigned long long);
std::array<unsigned long long, num_parts> parts;
template<std::size_t N, std::size_t I>
void populate_from_bitset(const std::bitset<N>& v) {
constexpr std::size_t offset = I * CHAR_BIT * sizeof(unsigned long long);
constexpr std::bitset<N> mask(std::numeric_limits<unsigned long long>::max());
parts[I] = ((v >> offset) & mask).to_ullong();
if constexpr(I + 1 < num_parts) {
populate_from_bitset<N, I + 1>(v);
}
}
};
template<std::size_t N>
my_uint_t<128> to_uint128_t(const std::bitset<N>& v) {
my_uint_t<128> result;
result.populate_from_bitset<N, 0>(v);
return result;
}
auto tmp_a = &to_uint128_t<16>;
auto tmp_b = &to_uint128_t<65>;
auto tmp_c = &to_uint128_t<128>;
gcc 和 clang 都对此进行了优化,以在 X86-64 上充分清洁程序集:
my_uint128_t to_uint128_t<16ul>(std::bitset<16ul> const&):
movzx edx, WORD PTR [rdi]
xor eax, eax
ret
my_uint128_t to_uint128_t<65ul>(std::bitset<65ul> const&):
mov rdx, QWORD PTR [rdi]
mov rax, QWORD PTR [rdi+8]
ret
my_uint128_t to_uint128_t<128ul>(std::bitset<128ul> const&):
mov rdx, QWORD PTR [rdi]
mov rax, QWORD PTR [rdi+8]
ret
见神螺栓
笔记:
my_uint128_t
这里有点占位符类型。仍然需要一些字节序处理才能正确地将其用作可移植的 128 位整数。