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我已经在github上发布了这个,以便开发人员可以回答。但是我已经查看了有关堆栈溢出的类似问题,但这似乎是一个特定问题,因为我的同事使用了类似的脚本并且它对他们有用。

我正在尝试使用 Picard 标记重复项。这是一个最小测试用例的 bash 脚本:

#!/bin/bash
#SBATCH --account=abcd
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2000M
#SBATCH --time=4:30:00
#SBATCH --mail-type=END,FAIL
#SBATCH --mail-user=email@email.com

module load java/11.0.2 
java -jar picard.jar MarkDuplicates I=SampleName.sorted.bam O=SampleName.filtered.bam M=marked_dup_metrics_SampleName.txt REMOVE_DUPLICATES=true

问题:我收到以下错误:

Unrecognized option: jar picard.jar MarkDuplicates I=SampleName.sorted.bam O=SampleName.filtered.bam M=marked_dup_metrics_SampleName.txt
Error: Could not create the Java Virtual Machine.
Error: A fatal exception has occurred. Program will exit.

我是 bash 脚本的新手,之前没有使用过 Picard。

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