linux - 将三列合并为一列（linux、python 或 perl）

Question

我有一个文件 (.tsv)，其中包含调用所有样本的变体。我想将前三列合并为一列：

示例： 原文：

文件名= variant.tsv > 我要合并的前三列是：

泳道样品ID 条形码

B31 00-00-NNA-0000 0000

期望的输出：

ID

B31_00-00-NNA-0000_0000

推荐的方法是什么？

Answer 1

从此开始

lane    sampleID    Barcode
B31 00-00-NNA-0000  0000

并使用Miller，您可以运行

mlr --tsv put -S '$ID=$lane."_".$sampleID."_".$Barcode' input.tsv >output.tsv

具有

+------+----------------+---------+-------------------------+
| lane | sampleID       | Barcode | ID                      |
+------+----------------+---------+-------------------------+
| B31  | 00-00-NNA-0000 | 0000    | B31_00-00-NNA-0000_0000 |
+------+----------------+---------+-------------------------+

如果您只想要 ID 字段，则命令是

mlr --tsv put -S '$ID=$lane."_".$sampleID."_".$Barcode' then cut -f ID input.tsv >output.tsv

Answer 2

一种方法，使用 perl 单线：

perl -F'\t' -lane '
    if ($. == 1) {
        print join("\t", "ID", @F[3..$#F])
    } else {
        print join("\t", join("_", @F[0,1,2]), @F[3..$#F])
    }' variants tsv

将每一行拆分为制表符上的数组 ( )，并使用该数组的切片@F打印出标题和后面的行以提取适当的元素，然后将其连接成分隔字符串。