nibabel - 大标签文件的 nibabel.filebasedimages.ImageFileError

Question

加载大小为 14.4 MB 的大型 NIFTI 文件时出现以下错误。

Traceback (most recent call last):
  File "/home/miran045/reine097/projects2/lab2im/lab2im/dcan/reproduce_load_error.py", line 7, in <module>
    img = nib.load(file_path)
  File "/home/miran045/reine097/.local/lib/python3.7/site-packages/nibabel/loadsave.py", line 55, in load
    raise ImageFileError(f'Cannot work out file type of "{filename}"')
nibabel.filebasedimages.ImageFileError: Cannot work out file type of "/home/feczk001/shared/data/nnUNet/nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task509_Paper/labelsTr1/1mo_sub-375518.nii.gz"

这是代码：

import nibabel as nib

print(nib.__version__)

file_path = '/home/feczk001/shared/data/nnUNet/nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task509_Paper/labelsTr1/1mo_sub' \
            '-375518.nii.gz'
img = nib.load(file_path)
print(img.shape)

当我尝试打开此类较小大小的文件（以 KB 为单位）时，不会发生这种情况。我可以在 FreeSurfer FreeView 中毫无错误地打开此文件，并且看起来不错。NiBabel 3.2.1 版本正在发生这种情况。

Answer 1

尽管文件扩展名为 GZ，但该文件可能实际上并未压缩。尝试压缩它。