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我想使用ComplexUpset包创建一个 UpSet 图。我想手动为交叉矩阵中的点着色以匹配集合的颜色。

这是我到目前为止所尝试的：

movies <- read.csv( system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), header=T, sep=";" )

ComplexUpset::upset(movies, colnames(movies)[3:5], name='genre', width_ratio=0.1, 
  matrix=(intersection_matrix(geom=geom_point()) +
            scale_color_manual(values = c('Action'='red', 'Adventure'='blue', 'Children'='yellow'))), 
  queries=list(upset_query(set='Action', fill='red'),
               upset_query(set='Adventure', fill='blue'),
               upset_query(set='Children', fill='yellow')))

输出

添加 scale_color_manual 只会导致额外的点图例，这是我不想要的。我希望交叉矩阵本身中的点为红色，“冒险”的点为蓝色，“儿童”的点为黄色。连接点的线段应保持黑色。

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1 回答 1

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这些点不会改变颜色，因为您正在传递fill（不是color）到upset_query; 如果您愿意，您可以继续使用fill，但在这种情况下，您还需要更改点的形状，以便它们具有要填充的区域，这可以使用shape='circle filled'（还有其他形状！）。

同样，scale_color_manual在普通的 ggplot2 中，这不是一个完美的选择，但鉴于它被 ComplexUpset 覆盖，这实际上是一个好主意，但您需要自定义 override.aes 以使其按预期显示。

library(ComplexUpset)
library(ggplot2)

upset(
    movies,
    colnames(movies)[3:5],
    name='genre',
    width_ratio=0.1,
    matrix=(
        intersection_matrix(geom=geom_point(shape='circle filled', size=3))
        + scale_color_manual(
            values=c('Action'='red', 'Adventure'='blue', 'Children'='yellow'),
            guide=guide_legend(override.aes=list(shape='circle'))
        )
    ),
    queries=list(
        upset_query(set='Action', fill='red'),
        upset_query(set='Adventure', fill='blue'),
        upset_query(set='Children', fill='yellow')
    )
)

用圆圈填充的解决方案

或者，您可以简单地传递color，fill但我认为该fill选项提供更好的视觉效果。

于 2021-09-22T15:37:37.927 回答