我目前正在尝试使用Hail（用 python 和 Scala 编写的基因组分析库）运行基因组分析管道。最近，Apache Spark 3 发布，它支持 GPU 使用。
我尝试使用spark-rapids库启动带有 gpu 节点的本地 slurm 集群。我能够初始化集群。但是，当我尝试运行冰雹任务时，执行者不断被杀死。
在 Hail 论坛上查询时，我得到的回复是
那是 Spark-SQL 的 GPU 代码生成器，Hail 不使用任何 Spark-SQL 接口，仅使用 RDD 接口。
那么，Spark3 不支持 RDD 接口使用 GPU 吗？
目前，spark-rapids 不支持 RDD 接口使用 GPU。
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Apache Spark 3.0+ 允许用户提供一个插件来替代 SQL 和 DataFrame 操作的后端。这不需要用户更改 API。该插件将用 GPU 加速版本替换它支持的 SQL 操作。如果不支持某个操作，它将回退到使用 Spark CPU 版本。请注意，该插件无法加速直接操作 RDD 的操作。
在这里，来自 spark-rapids 团队的回答
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目前我们不支持在 GPU 上运行 RDD API。我们只支持 SQL/Dataframe API，即使那样也只支持一部分操作符。这是因为我们正在将单个 Catalyst 运算符转换为支持 GPU 的等效运算符。我希望能够支持 RDD API，但这需要我们能够获取任意 java、scala 和 python 代码并在 GPU 上运行它。我们正在研究尝试完成其中一些的方法，但现在很难做到。对于像 Hail 这样使用 python 作为 API 的库来说尤其如此，但数据分析是在 C/C++ 中完成的。