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资源名称以'2_'开头，这在python中似乎无效，因为我们收到如下消息：

invalid decimal literal

你能告诉我如何获取这个资源的价值吗？更具体地说，它的URI如下：

http://purl.obolibrary.org/obo/chebi.owl#2_STAR

并且，访问chebi.2_STAR.id结果如下。

File "<ipython-input-156-66b94380a437>", line 1
    chebi.2_STAR.id
           ^
SyntaxError: invalid decimal literal

谢谢。

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所以我不确定这是你拥有的正确 URI。我相信这是您在文件中阅读时自动发生的事情。要访问它，我认为您需要一个没有“.owl”的名称空间。另一种选择是使用全局“obo”命名空间。

我可以通过以下方式访问它：

obo = get_namespace("http://purl.obolibrary.org/obo/")
obo['chebi#2_STAR']

# 2_STAR only has comments so,
obo['chebi#2_STAR'].comment 
#returns
['Annotated by 3rd party', 'Annotated by 3rd party']

遇到不兼容的字符时，用括号括起来，作为字符串放入。

更新 (2021-09-23) 查看更多 CHEBI 本体，看起来有几个可用的命名空间，在 CHEBI 命名空间中调用命名空间的更好方法是：

from owlready2 import *

#loaded from local file
chebi = get_ontology("chebi.owl").load()

#get the right namespace. note the 'chebi.' correction to what I initially did.
chebi2 = chebi.get_namespace("http://purl.obolibrary.org/obo/chebi#")
#then retrieve
chebi2['2_STAR']

我还不知道如何查询那里有哪些名称空间，但如果您已经知道前缀，那可以帮助您获得所需的名称空间。

于 2021-09-22T19:25:24.117 回答