-1

我目前正试图让我的 r 应用程序通过 shinyproxy 结合 docker 运行 - 不幸的是没有成功。

该应用程序通过 R-Studio 启动时可以正常运行。但是，一旦我创建 Docker 映像并尝试调用它，我就会收到错误消息“ function %>% not found ”。

我认为包没有正确加载，但我不能说为什么。在我的 Docker 文件中，我引用了一个“installLibrarys.R”文件，其中包含应用程序所需的所有库。我还调整了 rProfile 文件，以便每个 R 会话都应该加载所有库。

使用一个不太广泛的类似应用程序（但具有几乎相同的 dockerfile 以及 applications.yml），通过 shinyproxy 和 docker 托管工作没有任何问题....

da 你可以在文章末尾找到我的 Docker 文件、我的 Rprofile.site、我的 application.yml 和我的 installLibrarys.R。

也许有人知道我还能做什么。如果您需要更多信息，请随时与我联系！:-)

感谢你并致以真诚的问候

PS：我知道许多库都“包含”在其他库中并且不必要地加载了-我还没有时间进行排序：D

Rprofile.site

    ##                      Emacs please make this -*- R -*-
## empty Rprofile.site for R on Debian
##
## Copyright (C) 2008 - 2018  Dirk Eddelbuettel and GPL'ed
##
## see help(Startup) for documentation on ~/.Rprofile and Rprofile.site

# ## Example of .Rprofile
# options(width=65, digits=5)
# options(show.signif.stars=FALSE)
# setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
#         function(...) grDevices::ps.options(horizontal=FALSE))
# set.seed(1234)
# .First <- function() cat("\n   Welcome to R!\n\n")
# .Last <- function()  cat("\n   Goodbye!\n\n")

# ## Example of Rprofile.site
# local({
#  # add MASS to the default packages, set a CRAN mirror
#  old <- getOption("defaultPackages"); r <- getOption("repos")
#  r["CRAN"] <- "http://my.local.cran"
#  options(defaultPackages = c(old, "MASS"), repos = r)
#})

## We set the cloud mirror, which is 'network-close' to everybody, as default
local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "https://cloud.r-project.org"
    options(repos = r)
})

  library("shiny")
  library("rwhatsapp") 
  library("dplyr")     
  library("stringr")    
  library("grid")       
  library("gridExtra")  
  library("cowplot")    
  library("magick")     
  library("ggmap")      
  library("stopwords")  
  library("tidytext")   
  library("stringi")    
  library("ggplot2")
  library("tidyr")
  library("lubridate")
  library("ggtext")
  library("lattice")
  library("extrafont")
  library("showtext")
  library("ggfittext")
  library("sysfonts")
  library("png")
  library("shinyBS")
  library("shinyWidgets")
  library("bslib")
  library("shinycustomloader")
  library("magrittr")
  library("knitr")

安装包.R

r = getOption("repos")
r["CRAN"] = "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)


  install.packages("shiny")
  install.packages("rwhatsapp") 
  install.packages("dplyr")     
  install.packages("stringr")    
  install.packages("grid")       
  install.packages("gridExtra") 
  install.packages("cowplot")    
  install.packages("magick")     
  install.packages("ggmap")      
  install.packages("stopwords")  
  install.packages("tidytext")   
  install.packages("stringi")    
  install.packages("ggplot2")
  install.packages("tidyr")
  install.packages("lubridate")
  install.packages("ggtext")
  install.packages("lattice")
  install.packages("extrafont")
  install.packages("showtext")
  install.packages("ggfittext")
  install.packages("sysfonts")  
  install.packages("png")
  install.packages("googleway")
  install.packages("shinyBS")
  install.packages("shinyWidgets")
  install.packages("bslib")
  install.packages("shinycustomloader")

  library(shiny)
  library(rwhatsapp)  
  library(dplyr)      
  library(stringr)    
  library(grid)       
  library(gridExtra)  
  library(cowplot)    
  library(magick)     
  library(ggmap)      
  library(stopwords)  
  library(tidytext)  
  library(stringi)    
  library(ggplot2)    
  library(tidyr)     
  library(lubridate)  
  library(ggtext)     
  library(lattice)    
  library(extrafont)    
  library(showtext)
  library(ggfittext)
  library(sysfonts)
  library(png)
  library(googleway)
  library(shinyBS)
  library(shinyWidgets)
  library(bslib)
  library(shinycustomloader)

Dockerfile

FROM rocker/r-base:latest
LABEL maintainer="USER <user@example.com>"
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
    sudo \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libgtk2.0-dev\
    xvfb\
    xauth\
    xfonts-base\
    libcairo2-dev \
    libxt-dev \
    libssl-dev \
    libssh2-1-dev \
    libxml2-dev \
    libmagick++-dev\
        && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
RUN install.r shiny
RUN echo "local(options(shiny.port = 3838, shiny.host = '0.0.0.0'))" > /usr/lib/R/etc/Rprofile.site
RUN addgroup --system app \
    && adduser --system --ingroup app app
WORKDIR /home/app
COPY app .
RUN Rscript installPackages.R

RUN chown app:app -R /home/app
USER app
EXPOSE 3838
CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/home/app')"]

应用程序.yml

proxy:
  title: ShinyProxy
#  logo-url: https://link/to/your/logo.png
  landing-page: /
  favicon-path: favicon.ico
  heartbeat-rate: 10000
  heartbeat-timeout: 600000
  port: 8080
  container-wait-time: 60000
  admin-groups: admins
  hide-navbar: true
  # Docker configuration
  docker:
    cert-path: /home/none
    url: http://localhost:2375
    port-range-start: 20000
  specs:
  - id: 01_hello
    display-name: Hello Shiny App
    description: A simple reactive histogram
    container-image: #######:latest
    logo-url: ########
    access-groups: [admins, users]
  

logging:
  file:
    shinyproxy.log

spring:
  servlet:
    multipart:
      max-file-size: 2000MB
      max-request-size: 2000MB
4

1 回答 1

0

我找到了解决方案。

我在文件的开头加载了所有库ui.r- 不是通过函数，而是直接加载。不会使代码更好，但它可以工作：D

于 2021-09-16T21:42:59.330 回答