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我正在使用 DEP 蛋白质组学包来分析我的质谱数据。我想从我的数据中删除批处理效果。因此，在对我的数据进行预处理后，我想将其下载为 CSV 文件文件，以便我可以上传到批处理服务器。但我无法写成 CSV。每当我尝试时，我都会出错（没有将这个 S4 类强制为向量的方法）？我是 R 的新手。我读过一些关于这个的东西，但我仍然没有明确的想法？有人可以帮我弄这个吗？

> data_se <- make_se(data_unique, LFQ_columns, experimental_design)

> LFQ_columns <- grep("LFQ.", colnames(data_unique))

> data_se_parsed <- make_se_parse(data_unique, LFQ_columns)

> is(data_se)

[1]“SummarizedExperiment”“RectangularData”“向量”“注释”
[5]“vector_OR_Vector”

> data_se@metadata

列表（）

> View(data_se)

> colnames(data_se)

[1] “Ubi4_1” “Ubi4_2” “Ubi4_3” “Ubi6_1” “Ubi6_2” “Ubi6_3” “Ctrl_1” “Ctrl_2” “Ctrl_3” “Ubi1_1” “Ubi1_2” “Ubi1_3”

> write.csv2(data_se, "/home/dell/Desktop/Preoteomics_TMT_data/ubi_data_se.csv")

as.vector(x) 中的错误：没有将此 S4 类强制为向量的方法

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抱歉，问题不太清楚（例如，不确定您要上传什么），但您可以使用以下命令访问和写入看起来像质谱读数的文件：

my_data <- data_se@assays@data@listData
write.csv2(my_data, "my_upload.csv")

它可能不是您的批处理服务器所需的格式，但这是一个单独的问题。

不确定这是否是您想要的数据！如果您在这里没有运气，请尝试 biostars，这类问题更常见。

于 2021-07-23T09:49:36.493 回答