我有一个实验,在 5 次不同的消化持续时间(0 次和 4 次非 0 次)后检查种子发芽。有四个重复,四个块中的每一个。我想使用medrm
from package将结果建模为非线性混合效应模型medrc
,并比较几个模型的拟合,包括 Brain-Cousens (1989) 兴奋模型,以选择最佳拟合。这是一个示例数据集:
time <- c(0,0,0,0,12,12,12,12,24,24,24,24,48,48,48,48,96,96,96,96)
block <- c(1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4)
block <- as.factor(block)
germination <- c(.78,.80,.82,.75,.90,.95,.89,.91,.68,.71,.65,.69,.08,.05,.06,.02,0,0,.01,0)
data <- data.frame(block, time, germination)
我的模型
m <- medrm(germination ~ time,
data = data,
fct = BC.4(),
random = b + e ~ 1|block)
该代码非常适用于我要比较的其他模型类型:log-logistic ( fct = LL.3()
)、Weibull I ( fct = W1.3()
) 和 Weibull II ( fct = W2.3()
),但是,当我使用 Brain-Cousens 模型 ( fct = BC.4()
) 时,出现以下错误:
Error in str2lang(x) : <text>:1:18: unexpected ','
1: germination~(time,
^
这个错误是什么意思,我该怎么办?我看了一点源代码(可在此处获得:https ://rdrr.io/github/DoseResponse/medrc/src/R/medrm.R )(并不是说我理解其中 99% 的作用......)并注意到BC.4
似乎没有包括在内,这让我想知道是否medrc
支持 Brain-Cousens 模型?如果medrc
不支持它,对我来说最好/最容易使用的功能是什么?(仅供参考,我的编程经验有限)
通过在大多数在线教程中提供的示例中将fct
参数设置为 ,也可以生成相同的错误。BC.4()
vinclozolin
medrc