linux - 分别将 file1 的 1,2,5 列与 file2 的 1,2,3 列匹配，输出应该与文件 2 中的行匹配。第二个文件是压缩文件 .gz

Question

文件 1

3   1234581 A   C   rs123456

file2 压缩文件 .gz

1   1256781 rs987656    T   C
3   1234581 rs123456    A   C
22  1792471 rs928376    G   T

输出

3   1234581 rs123456    A   C

我试过了

zcat file2.gz | awk 'NR==FNR{a[$1,$2,$5]++;next} a[$1,$2,$3]' file1.txt  - > output.txt

但它不工作

score 2 · Accepted Answer

awk请为您显示的示例尝试以下代码。用于zcat读取您的 .gz 文件，然后awk在使用 file1 完成读取后将其作为第二个输入传递给程序进行读取。

zcat your_file.gz | awk 'FNR==NR{arr[$1,$2,$5];next} (($1,$2,$3) in arr)' file1 -

OP尝试中的修复：

1 回答 1