我正在尝试使用 limma 包执行 DGE。我有一个大数据集，我想在其中提取几个对比。完整的对比表如下所示：
| 级别 | M1 | M2 | M3 |
|---|---|---|---|
| 康德3 | 0 | -1 | 1 |
| 康德4 | 0 | 1 | -1 |
| 条件1 | -1 | 0 | -1 |
| 条件2 | 1 | 0 | 1 |
到底。我想提取 3 个对比（M1 M2 和 M3）。我尝试单独提取对比度 M1（我基本上选择了元数据和表达式数据只包含 Cond1 和 Cond2 样本），对比度如下所示：
| 级别 | M1 |
|---|---|
| 条件1 | -1 |
| 条件2 | 1 |
我意识到，如果我像以前那样提取对比度，并且如果我提取相同的对比度但使用所有数据，它会给出稍微不同的结果。这是为什么？计算对比度 M1 的最正确方法是什么？
这假设在提取任何对比度之前我总是这样做
fit <- lmFit(exprs_data, design)
fit.ms <- contrasts.fit(fit, cont.matrix.ms)
fit.ms <- eBayes(fit.ms)