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我正在为生物信息学工具开发一个自动化框架。由于我的程序将使用的大多数软件都是为 Linux 编写的，而不是用 python 编写的，所以我使用 subprocess 来调用这些进程。我遇到的问题是管道中的许多步骤需要很长时间，我想查看实时输出，所以我知道它仍在工作并且没有挂起或其他东西。但我还需要在该过程完成后捕获输出以记录任何意外错误。

我发现 subprocces.Popen() 是我解决这个问题所需要的。

这是我使用的代码（在这里找到：https ://fabianlee.org/2019/09/15/python-getting-live-output-from-subprocess-using-poll/ ）：

 # invoke process
    process = subprocess.Popen("./test.sh", shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, text=True)

    # print stdout while process is still working
    while True:
        output = process.stdout.readline()
        if process.poll() is not None:
            break
        if output:
            print("out:", output.strip())
    rc = process.poll()

    if rc == 0:
        print("Process ended with rc:", rc, "output:", output)

    else:
        print("Process ended with rc:", rc, "error:", process.stderr.readline())

当我使用这个简单的 bash 脚本作为参数时，它就像一个魅力：

    #!/bin/bash

for i in $(seq 1 5); do
    echo "iteration" $i
       sleep 1
done

这给出了输出：

out: iteration 1
out: iteration 2
out: iteration 3
out: iteration 4
out: iteration 5
Process ended with rc: 0 output:

或者如果我故意在脚本中插入错误，例如：

Process ended with rc: 2 error: ./test.sh: line 7: syntax error: unexpected end of file

但是，当我使用（在这种情况下为 picard ValidateSamFile）尝试它时，无论我尝试了什么，它都不会给我任何 livefeed：

# invoke process
    process = subprocess.Popen("picard ValidateSamFile -I dna_seq/aligned/2064-01/AHWM2NCCXY.RJ-1967-2064-01.6.bam", shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, text=True)

    # print stdout while process is still working
    while True:
        output = process.stdout.readline()
        if process.poll() is not None:
            break
        if output:
            print("out:", output.strip())
    rc = process.poll()

    if rc == 0:
        print("Process ended with rc:", rc, "output:", output)

    else:
        print("Process ended with rc:", rc, "error:", process.stderr.readline())

该过程完成后我得到这个：

out: No errors found
Process ended with rc: 0 output:

有任何想法吗？

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