bash - 我是一名微生物学家，刚接触 PowerShell，我必须使用 zgrep -u 创建一个脚本

Question

我有一个 fastq 文件（基因组序列）文件夹和一个带有条形码（20 个核苷酸系列）的 excel 文件，我想搜索所有 fastq 文件中的所有条形码并获得精确匹配。我单独为几个条形码进行了“zgrep -u 条形码文件 1 文件 2 文件 3”测试，它可以工作，但现在我想创建一个脚本来为我做这件事，因为我有大约 200 个不同的条形码要在 10 个文件中查找。我不确定如何将 zgrep 合并到这样的脚本中。

Answer 1

您好，欢迎来到堆栈溢出。很抱歉，这里的某些人阅读了您的非 IT 背景，并且肯定会为您神秘地回答。

关于你的问题：

首先，如果可能，请使用以下 PowerShell 命令在您的计算机上安装 ImportExcel 模块：

Install-Module -Name ImportExcel -Scope CurrentUser -Force

之后，我们可以运行这个小脚本来为 Excel 文档中的每一行执行 zgrep：

# Change this to the path to your file
$FilePath = "C:\Test123.xlsx"

$excelContent = Import-Excel -Path $FilePath
foreach($row in $excelContent)
{
    # Change columnName to the Name of the columne the barcodes are in
    zgrep -u $row.columnName file1 file2 file3
}

这应该是您解决问题所需的全部内容。