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我被要求研究蛋白质结构可视化，比如 RasMol，用户将打开一个 pdb 文件来获取蛋白质结构。

如何从 pdb 文件生成蛋白质结构？

我想用 Python 编码并可视化我应该使用 OpenGL 还是 VTK 的结构？在这方面有没有其他模块可以帮助我？

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您应该尝试具有 python 接口的pymol 。

在这里，您有一个初学者教程，介绍如何编写 pymol 脚本以与视图交互

作为学生，您可以从 pymols 网站免费获得 pymol。此外，Gohlke还提供 32 位和 64 位 windows 和 python 2.6-2.7 的安装程序。

于 2011-07-22T16:28:18.097 回答
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我认为 Pymol 不再免费，因为它必须从 Schrödinger 购买。几个免费程序： - JMol（糟糕！除非你别无选择，否则不要使用它） - PyMol（如果你是学术人员） - Yasara - Discovery studio (Accelrys) - RasMol（不再维护） - VMD (可视化轨迹的最佳程序）。非常强大，但我从未使用过它。

我不知道您是否可以在所有这些中编写脚本。

我用 PyMol 做了很多工作，我做了一些插件。唯一的限制是你可以将它用作查看器，但没有别的。例如，您无法通过单击原子来获取信息。

祝你好运

于 2011-07-22T17:29:15.800 回答
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Chimera http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/是另一个查看器。我认为它的许可证比 pymol 更灵活。

你是自己写的吗？我认为这些答案中的大多数都将您指向已实施的查看器。不过祝你好运，我想这需要很多工作。

于 2011-07-22T17:40:46.353 回答