我正在尝试在 Python3 中保存更改后的 z-stack .tif 文件。这是我检查功能是否按预期工作的代码。
#libraries
import imageio as ii
#import initial image
fname='101_nuc1syg1.tif'
adata = ii.volread(fname)
#check to make sure volread works
ii.volsave('temp.tif', adata)
结果是：
现在，当我尝试做一个简单的阈值时，使用以下代码：
#now doing very simple thresholding
bdata = adata < adata[0].mean()
bdata = bdata +0
ii.volsave('temp.tif', bdata)
我明白了：
知道如何在对其执行图像操作后正确保存 tif 文件吗？
编辑：请注意，我能够提取每个堆栈并将它们保存为单独的 .png 文件，但我更愿意将它们作为单个 .tif 文件。
看起来您需要将bdata类型转换为np.uint8并将结果乘以 255。
表达式 (adata < adata[0].mean()) 的类型是np.bool.
常见的图像类型是np.uint8.
转换(adata < adata[0].mean())为类型np.uint8：
bdata = (adata < adata[0].mean()).astype(np.uint8)
将结果转换为 时np.uint8，所有True元素都转换为1，而 False 元素则转换为0。
乘以255将True元素转换为255（白色）：
bdata = bdata * 255
完整代码：
import imageio as ii
import numpy as np
#import initial image
fname='101_nuc1syg1.tif'
adata = ii.volread(fname)
#now doing very simple thresholding
bdata = (adata < adata[0].mean()).astype(np.uint8)
bdata = bdata * 255 # Convert ones to 255 (255 is white color)
ii.volsave('temp.tif', bdata)
注意：
我无法测试我的答案 - 您发布的链接不包含指向图像的链接。