r - 在 GenomicRanges 包的后续或前面函数中包含重叠范围或基因

Question

我有兴趣从我感兴趣的基因中获取侧翼基因。为此，我发现 package.json 中的followandprecede函数非常有用GenomicRanges。唯一的问题是这个功能不包括重叠基因。例如，如果我有我感兴趣的基因，例如：

query<-GRanges(seqnames = c("chr1","chr1"),ranges = c(6:11,14:20))

并希望从此列表中获取侧翼基因：

reference<-GRanges(seqnames = c("chr1","chr1","chr1"),ranges = c(1:5,10:15,100:200))

使用follow，precede我发现我的基因两侧是参考列表中的第一个和第三个基因：

follow(query,reference)
[1] 1 1
precede(query,reference)
[1] 3 3

而不是像我想要的那样为第一个返回 1-2 和为第二个返回 2-3 ：

#desired output
follow(query,reference)
[1] 1 2
precede(query,reference)
[1] 2 3

您知道在查询中包含重叠基因的任何方法吗？