bash - 如何在 linux 的 windows 子系统上运行 burrows-wheeler aligner？

Question

完全是新手，不知道我在做什么。我已经在 windows 上安装了 ubuntu，现在可以从 windows 打开 bash。

我还从 Sourceforge 下载了 burrow-wheeler 对准器：https ://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/

从那里我尝试提取 bz2 文件。我将提取的文件夹添加到 PATH

但是当我在 bash 上输入 bwa 时，它显示 bwa: command not found

我是一个完全的初学者，想开始使用生物信息学。我执行了上述步骤，因为这就是我将 conda 设置为在 windows cmd 上工作的方式。

我究竟做错了什么？

Answer 1

在子系统中，您的场景中几乎所有内容都与 Ubuntu 系统相同，然后您只需按照此存储库的自述文件：lh3/bwa 即可。由于Sourceforge 中的 repo似乎已经归档了很长时间，因此您最好使用Github 上较新的替代方案。