我无法使用以下任一命令安装带有 conda 的 htslib v1.12:
conda install -c bioconda htslib
conda install -c bioconda/label/broken htslib
使用conda install -c bioconda/label/cf201901 htslib
给了我 htslib v1.9。
有谁知道如何使用 conda 安装 v1.12?谢谢!
OP 参考的指令来自 Anaconda Cloud,它们是通用的,并且忽略了使用专用通道通常需要的细微差别。具体来说,Bioconda 期望以下渠道优先级:
channels:
- conda-forge
- bioconda
- defaults
这是 Bioconda 在构建和测试包时使用的顺序。不遵循这一点可能会导致未定义的行为。
最佳实践是全局设置 - 如果您主要使用生物信息学软件,那就太好了 - 或者以特定于环境的方式(即使用conda config --env
)设置它。
否则,要手动模拟此通道优先级,可以使用
conda install --override-channels -c conda-forge -c bioconda -c defaults htslib=1.12
但大多数时候一个人可以逃脱
conda install -c conda-forge -c bioconda htslib=1.12