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我正在使用同父异母的血统(分配的个人、父系、母系和群体(种群))。当我运行模型时,我收到消息“列出了零 df 的项……”,当我要求对固定效应进行 wald 测试时,我的一个效应丢失了。为我的数据分配谱系如何影响可用于测试我的固定效应的自由度?下面是我的代码。“sacode”和“treatcode”是我感兴趣的固定效果。当我运行模型并生成 Wald 测试时,“sacode”不包括在内。我在 R 工作室中使用 asreml-R4。

谱系示例:

> ped2[1:10,]
   ID Sire Dam
1   1    0   0
2   2    0   0
3   3    0   0
4   4    0   0
5   5    1   1
6   6    1   1
7   7    1   1
8   8    1   1
9   9    1   1
10 10    1   1
> ped2[515:525,]
     ID Sire Dam
515 515    4   4
516 516    4   4
517 517   10 148
518 518   11 152
519 519    9 145
520 520    5 133
521 521   10 149
522 522    7 139
523 523    6 138
524 524   11 151
525 525    9 145

示例代码:

> m1 <- asreml(Zlg_1 ~ 
+       1 + treatcode + sacode + treatcode:sacode + Age + Mated + 
+         Block , 
+         random = ~ vm(ID, ped_ai2) + Dam,
+         data = dat) 
Model fitted using the gamma parameterization.
ASReml 4.1.0 Mon Feb 22 11:34:24 2021
          LogLik        Sigma2     DF     wall    cpu
 1     -1816.164      0.442551   2112 11:34:24    0.0
 2     -1744.799      0.379880   2112 11:34:24    0.0
 3     -1681.384      0.307075   2112 11:34:24    0.0
 4     -1649.280      0.235116   2112 11:34:24    0.0
 5     -1637.209      0.159875   2112 11:34:24    0.0
 6     -1634.396      0.104286   2112 11:34:24    0.0
 7     -1633.798      0.070116   2112 11:34:24    0.0
 8     -1633.701      0.052888   2112 11:34:24    0.0
 9     -1633.693      0.046869   2112 11:34:24    0.0
10     -1633.693      0.046003   2112 11:34:24    0.0
Terms with zero df listed in attribute 'zerodf' of the wald table.

> wald.asreml(m1)
Wald tests for fixed effects.
Response: Zlg_1
Terms added sequentially; adjusted for those above.

                 Df Sum of Sq Wald statistic Pr(Chisq)
treatcode         1  0.001408         0.0306    0.8611
Age               1  0.053934         1.1729    0.2788
Mated             1  0.019122         0.4159    0.5190
Block             3  0.228305         4.9650    0.1744
treatcode:sacode  1  0.034669         0.7539    0.3852
residual (MS)        0.045983 

我尝试添加和删除不同的变量,以查看是否有任何特定变量造成问题,但无论模型中的变量组合是什么,都会出现 zerodf 消息。

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