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我正在使用 Bcftools 从 GVCF 文件中提取单个样本 VCF。

bcftools view -f -Oz -s Sample_name -o output_sample.vcf.gz input_file.vcf.gz

不幸的是，输出的格式似乎不是 Bgzip 压缩的，尽管使用了 -Oz 标志。

    bcftools index output_sample.vcf.gz
the file is not BGZF compressed

有人知道为什么会这样吗？

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1 回答 1

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你也可以试试

bgzip -c outputfile.vcf > outputfile.vcf.gz

并且不要忘记索引您的文件

bcftools index outputfile.vcf.gz
于 2021-03-09T16:45:55.370 回答