merge - 基因组范围 - 在单个文件中合并重叠 (R STUDIO)

Question

我想在文件中找到重叠的区域并将它们合并，以保持较早的开始和较晚的停止（将 2 个区域合并为 1）

我打算使用基因组范围，但我不确定如何编写脚本。

这是文件fileA.txt包含的内容：

chr     start       end       value
chr1    58708485    58708713  1
chr1    58709084    58710538  2
chr1    98766295    98766639  3
chr1    98766902    98770338  4

脚本：

library(GenomicRanges)
query = with(fileA.txt, GRanges(chr, IRanges(start=start, end=end)))
subject = with(fileA.txt, GRanges(chr, IRanges(start=start, end=end)))
hits = findOverlaps(gr1)
ranges(query)[queryHits(hits)] = ranges(subject)[subjectHits(hits)]

我不确定如何为单个文件设置查询和主题，以及作为文档的对象需要任何类型的“”或特定格式（bedGraph、txt 都可以吗？）以便在脚本中被识别？

非常感谢您的帮助！

K。