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Rosalind 上有一个开放式阅读框架练习，我从示例任务中获得的结果不同。可以在此处找到练习说明。

我有这个代码：

gencode = {"GCT": "A", "GCC": "A", "GCA": "A", "GCG": "A",
           "TGT": "C", "TGC": "C",
           "GAT": "D", "GAC": "D",
           "GAA": "E", "GAG": "E",
           "TTT": "F", "TTC": "F",
           "GGT": "G", "GGC": "G", "GGA": "G", "GGG": "G",
           "CAT": "H", "CAC": "H",
           "ATA": "I", "ATT": "I", "ATC": "I",
           "AAA": "K", "AAG": "K",
           "TTA": "L", "TTG": "L", "CTT": "L", "CTC": "L", "CTA": "L", "CTG": "L",
           "ATG": "M",
           "AAT": "N", "AAC": "N",
           "CCT": "P", "CCC": "P", "CCA": "P", "CCG": "P",
           "CAA": "Q", "CAG": "Q",
           "CGT": "R", "CGC": "R", "CGA": "R", "CGG": "R", "AGA": "R", "AGG": "R",
           "TCT": "S", "TCC": "S", "TCA": "S", "TCG": "S", "AGT": "S", "AGC": "S",
           "ACT": "T", "ACC": "T", "ACA": "T", "ACG": "T",
           "GTT": "V", "GTC": "V", "GTA": "V", "GTG": "V",
           "TGG": "W",
           "TAT": "Y", "TAC": "Y", 
           "TAA": "_", "TAG": "_", "TGA": "_"}

seq = 'AGCCATGTAGCTAACTCAGGTTACATGGGGATGACCCCGCGACTTGGATTAGAGTCTCTTTTGGAATAAGCCTGAATGATCCGAGTAGCATCTCAG'
rev_seq = seq[::-1]


def get_orf_proteins(seq):
    proteins=[]
    for i in range(len(seq)-2):
        if gencode[seq[i:i+3]] == 'M':
            print(i)
            prot = ''
            k = i
            while gencode[seq[k:k+3]] != '_' and k < len(seq)-3:
              prot += gencode[seq[k:k+3]]
              k += 3
            proteins.append(prot)
    return(list(set(proteins)))


print(get_orf_proteins(seq))
print(get_orf_proteins(rev_seq))

它返回以下蛋白质序列：

['MGMTPRLGLESLLE', 'MTPRLGLESLLE', 'M', 'MIRVAS']
['MY', 'MSLVSPNKVFSEIRFSAPVGVHWTQSMY']

我是否遗漏了什么，或者示例解决方案不正确？

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1 回答 1

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DNA 串的反向补码不仅仅是 DNA 串的反向。

于 2021-03-02T08:35:26.460 回答