bioinformatics - 如何创建 FASTQ 序列文件？

Question

我有一个基因组数据库，其中包含一个简单的字符序列（如>chr1 AGTGTCA.....）。现在，我想将其转换为标准的FASTQ 格式，如下所示：

@HWUSI-EAS594-R:1:3:1453:1350#0/1 
CCCAGTTCCGACGATCGATTTGCACGTCAGAATCGCTACGGACCTCCATCAGGGTTTCCCCTGACTTCGTCCTGACCAGG
+   
ea^cdfdffgggggggggggeggggdggdffgdbdgddgggg`g^dfbfgdggcfbgfffcb]gffbfcfcefbbBBBB

由于我对这种格式不清楚，我无法转换它。如何将简单的字符序列转换为 FASTQ 格式（如上例所示）？

具体来说，我要问：

1. 是否有任何现有的代码来进行编码？
2. 如果不是，我如何在 FASTQ 中编码字符序列？这种格式意味着什么，我该如何创建它？

Answer 1

因为您只有序列而不是序列推导的质量（可靠性）分数，所以我认为您没有足够的信息来构建 FASTQ 文件。（不过，我不是生物信息学专家。）相反，您应该继续使用FASTA 文件格式，它只包含序列信息。