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我正在尝试从library(DirichletMultinomial). 我有一个包含count因子计数和向量的大矩阵pheno。在为每个组执行 Dirichlet-multinominal 模型的下一步后，我根据（count划分为组）制作了一个子集，如小插图中的示例所示：countpphenocountp <- count[pheno %in% c("group1", "group2"), ]

bestgrp <- dmngroup(countp, pheno, k=1:15, simplify = FALSE, verbose=TRUE, .lapply = parallel::mclapply)

该过程工作了 8-12 小时并崩溃了报告：

invalid class “DMNGroup” object: undefined class for slot "elementMetadata" ("DataTable_OR_NULL")

我确定该过程在崩溃后花费了几个小时，因为我有以下代码

if(exists('bestgrp')) {
  save(bestgrp, file = "NRR_DMM_bestgrp.Rda")
} else {
  write(geterrmessage(), file = "!!!ERROR.txt") }

并有时间保存错误消息。由于verbose=TRUE不能在并行多核计算中工作，所以当它崩溃时我没有更具体的点。count处理后的整个数据集dmn变得平滑。我不是生物信息学家，并且是 R 计算的新手，因此当 Google 为错误消息返回 NULL 结果时，我完全迷失了。任何人都可以帮忙吗？最好的问候， 马辛

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对于我正在使用的 R 版本 4.0.3，我已将 Bioconductor 更新到版本 3.12。现在它起作用了。对于类似的问题，请查看 support.bioconductor.org/p/92281

于 2021-01-30T18:47:37.137 回答