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我正在尝试构建一个工作流来分析我的 scRNA-seq 数据。我正在使用 GATK 和 samtools、vcftools、bcftools 的组合。我想过滤我的 .vcf 文件，以便它删除所有读取次数少于 10 的条目。看起来 vcftools 可以用于此。我的代码是：

vcftools --vcf "$fn" --out "$fn"_dp10 --minDP 10 --recode --recode-INFO-all

但是，它不会过滤掉任何东西。对此有什么想法吗？

亲切的问候科拉

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我刚刚找到了答案！我不得不使用--mean-minDP而不是--minDP.

亲切的问候科拉

于 2021-01-25T09:03:24.153 回答