perl - 使用 inline::C 来加速数学是否值得

Question

我一直在研究一个 perl 程序来处理大量的 dna。它准确地输出了我需要的东西，但是它比我想要使用 NYTprof 花费的时间要长得多，我已经缩小了主要问题区域，将我的值加在一起的循环。会使用 inline::C 进行数学运算使我的程序更快还是我应该接受速度并继续前进？还有其他方法可以提高速度吗？这是我的程序和它将运行的输入以及已输入默认值的可执行文件。

Answer 1

您不太可能在这里获得有用的帮助（包括在内）。我可以看到您的代码存在各种问题，与语言选择无关。

1. 使用 CPAN。如果您正在解析 genbank，请使用一些适当的模块。

2. 您正在用 Perl 编写程序集，而 Perl 和您都不是很擅长那个。当您不将参数传递给子例程时，几乎不可能知道发生了什么，而是在整个地方都依赖全局变量。什么@X1, @X2, @Y1, @Y2意思？

3. 以下可能是您的问题：（until ($ender - $starter > $tlength) {第 153 行）。根据您的测试用例，这些以 103、1 和 200 开头，尚不清楚它们何时或是否更改。根据 中的内容@te，它可能会或可能不会脱离循环；我只是无法从您的代码中分辨出来。

4. 如果我们确切地知道 的参数是什么add、输入输出不变量以及它返回什么，那将会有所帮助。

这就是我得到的。

Answer 2

如果适用，我支持 PDL 在评论中提出的建议。或者使用针对您的问题量身定制的 CPAN 模块（再次，如果适用）。

在该代码中，我没有看到任何看起来像“将我的值加在一起的循环”这样的东西。请只显示您正在考虑优化的代码，理想情况下，它周围有足够的结构来实际运行它。

因此，一般地回答您的一般问题，是的，如果您确定您的性能问题仅限于它实际上可以为您做的事情，那么 Inline::C 可以成为一个有用的优化工具。在使用它时，请注意从 Perl 调用您的 C 代码（反之亦然）非常昂贵，因此您必须将足够的代码翻译成 C 以最小化转换。