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我最近安装了 Rtools 包,用于下载和解压 TAR 包。我使用'getTCGA()'函数使用旧包'TCGA2STAT'中的以下代码。

brca = getTCGA(disease = "BRCA", data.type = 'RNASeq2', clinical = TRUE, type = 'RPKM')

我遇到错误

错误:系统中未安装 TAR。数据解压失败。

2018 年有一个类似的问题,有人回答执行以下操作

Sys.setenv(TAR ="C:\\Program Files\\rtools40\\usr\\bin\\tar")
Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\\Program Files\\rtools40\\usr\\bin\\gzip")

在检查它是否有效时,我输入了

Sys.which('tar')

和回应

tar "C:\WINDOWS\SYSTEM32\tar.exe"

Sys.getenv('tar')显示时

[1] "C:\Program Files\rtools40\usr\bin\tar.exe"

请帮助解决这个问题。

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