我最近安装了 Rtools 包,用于下载和解压 TAR 包。我使用'getTCGA()'函数使用旧包'TCGA2STAT'中的以下代码。
brca = getTCGA(disease = "BRCA", data.type = 'RNASeq2', clinical = TRUE, type = 'RPKM')
我遇到错误
错误:系统中未安装 TAR。数据解压失败。
2018 年有一个类似的问题,有人回答执行以下操作
Sys.setenv(TAR ="C:\\Program Files\\rtools40\\usr\\bin\\tar")
Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\\Program Files\\rtools40\\usr\\bin\\gzip")
在检查它是否有效时,我输入了
Sys.which('tar')
和回应
tar "C:\WINDOWS\SYSTEM32\tar.exe"
在Sys.getenv('tar')
显示时
[1] "C:\Program Files\rtools40\usr\bin\tar.exe"
请帮助解决这个问题。