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我正在尝试做一个 ODE 求解器，但我在函数中的方程与我在lotka()函数中设置的初始参数之间的向量存在问题TLfit()。我不明白为什么当我列出 3 个参数时它说我有一个长度为 1 的向量。谁能提供一些见解？

require(deSolve); # for ODE solver

# define the right-hand side of the ODE
lotka <- function(t,y,parms) {
  S=y[1]
  I=y[2]
  R=y[3]
  B=parms[1]; G=parms[2]; # parameters, like before
  dN=numeric(3) # vector to hold the derivatives
  dN[1]=-B*S*I
  dN[2]=B*S*I-(G*I)
  dN[3]=G*I
  return(list(dN))
}

# data 
mydata <- read.csv('PlagueBombay.csv')
tvals <- mydata$Week
xvals <-mydata$WeeklyDeaths

# Least squares objective function 
TLfit=function(logp) {
  p=exp(logp);
  parms=p[1:2]; I0=p[3]; times=1:32; 
  out=ode(I0,times,lotka,parms);
  mse=mean((out[,2]-xvals)^2);
  return(mse);
}
p0=c(B=.5,G=.5,I0=.5); # initial guess at parameters
logp0=log(p0); 
fit=optim(logp0,TLfit);

我得到错误：

Error in checkFunc(Func2, times, y, rho) : 
  The number of derivatives returned by func() (3) must equal the length of the initial conditions vector (1)
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1 回答 1

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你完全按照错误所说的那样做，你的初始值I0=p[3]是一个单一的标量。你可能想要一些像y0=[1-I0,I0,0]初始值这样的东西。

于 2020-12-11T08:58:04.400 回答